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- PDB-6ih1: Crystal structure of a standalone versatile EAL protein from Vibr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ih1
タイトルCrystal structure of a standalone versatile EAL protein from Vibrio cholerae O395 - c-di-GMP bound form
要素cyclic di nucleotide phoshodiesterase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / cyclic dinucleotide phosphodiesterase / nucleotide binding (ヌクレオチド)
機能・相同性Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Chem-C2E / EAL domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Yadav, M. / Pal, K. / Sen, U.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Structures of c-di-GMP/cGAMP degrading phosphodiesterase VcEAL: identification of a novel conformational switch and its implication.
著者: Yadav, M. / Pal, K. / Sen, U.
履歴
登録2018年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cyclic di nucleotide phoshodiesterase
B: cyclic di nucleotide phoshodiesterase
C: cyclic di nucleotide phoshodiesterase
D: cyclic di nucleotide phoshodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,24716
ポリマ－116,1654
非ポリマー3,08212
水10,124562
1
A: cyclic di nucleotide phoshodiesterase
C: cyclic di nucleotide phoshodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6238
ポリマ－58,0822
非ポリマー1,5416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
2
B: cyclic di nucleotide phoshodiesterase
D: cyclic di nucleotide phoshodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6238
ポリマ－58,0822
非ポリマー1,5416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.500, 42.630, 156.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 21 - 257 / Label seq-ID: 21 - 257

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD

-
要素

#1: タンパク質
cyclic di nucleotide phoshodiesterase


分子量: 29041.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395) (コレラ菌)
株: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / 遺伝子: VC0395_A1247 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H3AJ04, cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP / Cyclic di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, ammonium acetate, sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→41.12 Å / Num. obs: 68489 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 27.45 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 126224 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 1.8 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.95-20.327813544000.7630.3150.4541.793.8
9.15-41.120.02412156630.9970.0240.03411.390.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.95→40.923 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2217 3317 4.85 %
Rwork0.1833 65074 -
obs0.1852 68391 95.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 221.1 Å2 / Biso mean: 50.8677 Å2 / Biso min: 12.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→40.923 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7580 0 192 562 8334
Biso mean--39.69 47.26 -
残基数----948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127990
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05410780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6254672
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4658X-RAY DIFFRACTION17.551TORSIONAL
12B4658X-RAY DIFFRACTION17.551TORSIONAL
13C4658X-RAY DIFFRACTION17.551TORSIONAL
14D4658X-RAY DIFFRACTION17.551TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.97790.3331350.27292618275393
1.9779-2.00740.29361310.27112611274294
2.0074-2.03880.27741270.26282662278994
2.0388-2.07220.29811290.23972636276594
2.0722-2.10790.28621320.22892647277994
2.1079-2.14620.27751270.21762653278094
2.1462-2.18750.24861300.20162629275995
2.1875-2.23220.23451220.19032725284795
2.2322-2.28070.21191340.18682647278196
2.2807-2.33370.21381410.19392651279295
2.3337-2.39210.25981400.19172721286196
2.3921-2.45680.2411330.18432703283696
2.4568-2.52910.22681270.18432717284496
2.5291-2.61070.21461530.19082702285596
2.6107-2.7040.23011540.19112710286497
2.704-2.81220.24311220.19152774289697
2.8122-2.94020.24161320.17592755288797
2.9402-3.09510.26141220.18182776289898
3.0951-3.2890.23021460.16492785293198
3.289-3.54280.18171370.15612815295298
3.5428-3.8990.20321500.1612793294398
3.899-4.46260.16451460.14532801294799
4.4626-5.62010.21031550.17112817297298
5.6201-40.93240.21831920.20992726291893
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.51780.02451.27963.5831-0.39472.4674-0.0505-1.2688-0.19680.89660.02160.10690.0537-0.1650.00340.38270.0161-0.01030.70420.1230.2255.3266-15.297469.4679
23.13651.97750.20432.6133-2.16294.46660.2051-1.21951.17860.8395-0.01570.0001-1.1221-0.3212-0.04070.52960.0595-0.04840.773-0.20280.39657.9464-4.827870.1939
32.93670.44491.21924.8993-0.42545.9798-0.3634-0.69822.27850.42960.0041-0.309-0.799-0.09180.34950.3843-0.0292-0.13930.4994-0.21080.71125.73380.20964.5784
45.2935-0.161.35593.66510.83041.79950.1091-0.22550.01580.1088-0.2061-0.10720.0253-0.05890.06590.1373-0.00780.01010.16370.00720.1396-3.7018-13.138151.3078
58.14711.54713.14724.647-3.84537.47490.2-0.1076-2.7384-0.53890.3002-0.74031.93770.3832-0.68880.3950.1099-0.16580.35070.11930.69039.8628-25.763958.0556
64.48060.1659-0.00943.84740.6795.5366-0.02611.24140.4594-0.95420.16-0.1254-0.33320.1259-0.03320.3772-0.02970.00210.47760.04070.2426-12.4182-14.0068.6471
74.67330.80511.26951.8429-0.12922.7744-0.08160.4030.518-0.1968-0.02770.1054-0.15910.05250.05470.18130.01360.0350.1440.01840.1911-6.9654-12.029422.1371
85.99870.7583-0.19264.3444-0.02424.84860.1821-0.8730.20670.88280.05770.1256-0.25610.0371-0.14970.27230.01980.00250.2965-0.03920.1826-35.10363.421161.0698
94.83012.6162-0.78283.11381.38033.75170.3225-0.8754-0.86450.5661-0.2361-0.16480.52990.0955-0.21480.2786-0.0278-0.05430.54990.1850.3325-39.7502-7.610761.6302
101.7857-0.7941-2.7835.60611.86134.4586-0.2484-0.7358-1.55720.66570.1975-0.47820.93550.2444-0.11910.392-0.0083-0.07040.44480.20750.6004-31.3313-12.949157.49
114.187-0.5951-0.6843.1657-0.86411.43760.0045-0.0332-0.19540.0363-0.0037-0.07090.0342-0.04180.00420.166-0.0013-0.01650.1137-0.01860.1112-20.5695-0.407247.5244
125.57851.10253.42637.73461.08947.3440.34410.96421.3032-0.55820.01130.2462-0.80320.1406-0.40620.32920.12950.0990.37040.13390.4457-36.008412.673147.726
135.8849-1.2604-0.55024.73490.61523.83690.31630.92730.358-0.9143-0.0678-0.0838-0.0677-0.0062-0.13360.28040.0004-0.01990.31560.06240.196129.17610.621316.0103
148.9154-2.48382.84052.4902-1.53625.64041.0670.7676-0.9253-0.3788-0.1793-0.08060.6350.5817-0.65610.28830.102-0.01210.4713-0.1190.32435.0364-6.43614.2758
153.9709-1.0663-2.02343.9049-1.05534.4337-0.01420.7899-1.4585-0.87550.3126-0.12991.47860.5038-0.14490.6185-0.0043-0.06910.3633-0.26280.410628.318-10.605518.0028
163.395-1.8853-2.65893.3471-0.10883.23950.03860.1075-1.1748-0.28470.0025-0.16020.4010.59780.01870.2670.0838-0.00870.4007-0.07330.376936.5021-12.44421.696
174.85430.0885-4.2732.2051-0.73334.0727-0.46511.1406-1.7009-1.40270.1444-0.38580.7902-0.86130.38360.8133-0.05460.14020.5811-0.12271.099520.2593-18.644818.7348
184.455-1.5353-1.28015.92811.15931.8425-0.0340.4457-0.0467-0.1159-0.206-0.12390.0820.00480.23930.1612-0.0026-0.04730.19830.0070.187514.91-5.503225.6838
194.52771.39851.25125.09930.56612.7540.1728-0.61630.14720.0147-0.18470.040.0119-0.06860.01220.140600.02690.1453-0.05430.180612.4460.73433.7326
206.5636-0.2273-3.07932.15631.30824.239-0.0251-0.32571.0643-0.32170.1047-0.3807-0.09610.3434-0.1340.2256-0.02590.03030.1608-0.01690.353624.95336.881326.8691
216.2826-1.0249-2.78982.8776-0.08994.6309-0.3354-0.95141.46290.8928-0.90150.3903-0.5275-0.1209-0.10.2816-0.34160.12350.4585-0.46821.032928.389511.820933.2172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 67 )A21 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 68 through 108 )A68 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 109 through 151 )A109 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 152 through 239 )A152 - 239
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 240 through 257 )A240 - 257
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 21 through 107 )B21 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 108 through 257 )B108 - 257
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 21 through 67 )C21 - 67
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 68 through 117 )C68 - 117
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 118 through 151 )C118 - 151
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 152 through 239 )C152 - 239
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 240 through 257 )C240 - 257
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 21 through 67 )D21 - 67
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 68 through 86 )D68 - 86
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 87 through 105 )D87 - 105
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 106 through 129 )D106 - 129
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 130 through 151 )D130 - 151
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 152 through 191 )D152 - 191
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 192 through 229 )D192 - 229
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 230 through 245 )D230 - 245
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 246 through 257 )D246 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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