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- PDB-5dkc: Crystal structure of the bromodomain of human BRM (SMARCA2) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dkc
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human BRM (SMARCA2) in complex with PFI-3 chemical probe
要素Probable global transcription activator SNF2L2
キーワードHYDROLASE / SWI-SNF complex / chromatin remodeling / Brg associated factors (BAF) / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex ...bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / ATP-dependent chromatin remodeler activity / positive regulation of double-strand break repair / intermediate filament cytoskeleton / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / spermatid development / positive regulation of myoblast differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / positive regulation of cell differentiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / negative regulation of cell growth / RMTs methylate histone arginines / nervous system development / histone binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / hydrolase activity / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / domain in helicases and associated with SANT domains / Snf2, ATP coupling domain ...BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / domain in helicases and associated with SANT domains / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Bromodomain-like / Helicase conserved C-terminal domain / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Bromodomain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5BW / Probable global transcription activator SNF2L2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Tallant, C. / Owen, D.R. / Gerstenberger, B.S. / Fedorov, O. / Savitsky, P. / Nunez-Alonso, G. / Fonseca, M. / Krojer, T. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. ...Tallant, C. / Owen, D.R. / Gerstenberger, B.S. / Fedorov, O. / Savitsky, P. / Nunez-Alonso, G. / Fonseca, M. / Krojer, T. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Muller, S. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the bromodomain of human BRM (SMARCA2) in complex with PFI-3 chemical probe
著者: Tallant, C. / Owen, D.R. / Gerstenberger, B.S. / Fedorov, O. / Savitsky, P. / Nunez-Alonso, G. / Fonseca, M. / Krojer, T. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. ...著者: Tallant, C. / Owen, D.R. / Gerstenberger, B.S. / Fedorov, O. / Savitsky, P. / Nunez-Alonso, G. / Fonseca, M. / Krojer, T. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Muller, S. / Knapp, S.
履歴
登録2015年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7673
ポリマ－14,3811
非ポリマー3872
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area6950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.424, 74.424, 89.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Probable global transcription activator SNF2L2 / ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / ...ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / hBRM / SNF2-alpha / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2


分子量: 14380.542 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1373-1493 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA2, BAF190B, BRM, SNF2A, SNF2L2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51531, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-5BW / (2E)-1-(2-hydroxyphenyl)-3-[(1R,4R)-5-(pyridin-2-yl)-2,5-diazabicyclo[2.2.1]hept-2-yl]prop-2-en-1-one


分子量: 321.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.15 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 19% PEG 6K, 4% ethyleneglycol, 0.01M ZnCl2 / PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→26.19 Å / Num. all: 24515 / Num. obs: 24515 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.025 / Net I/av σ(I): 17.1 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.62 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QY4

4qy4


解像度: 1.6→26.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.594 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21115 1375 5.6 %RANDOM
Rwork0.1937 ---
obs0.19468 23139 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.676 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20.15 Å2-0 Å2
2--0.31 Å2-0 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→26.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数908 0 25 114 1047
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02949
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5212.0121272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9683.0062186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4335109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.09424.31844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.63315192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.114157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9772.771439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9772.763438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.884.131547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8774.141548
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1233.193510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1253.195509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0254.589726
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.33922.6661184
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.33722.6641185
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.597→1.638 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 89 -
Rwork0.28 1673 -
obs--95.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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