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- PDB-1s8h: Crystal structure of Lys49-Phospholipase A2 from Agkistrodon cont... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1s8h | ||||||
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Title | Crystal structure of Lys49-Phospholipase A2 from Agkistrodon contortrix laticinctus, first fatty acid free form | ||||||
![]() | Phospholipase A2 homolog | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ambrosio, A.L.B. / de Souza, D.H.F. / Nonato, M.C. / Selistre de Araujo, H.S. / Ownby, C.L. / Garratt, R.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: A Molecular Mechanism for Lys49-Phospholipase A2 Activity Based on Ligand-induced Conformational Change. Authors: Ambrosio, A.L.B. / Nonato, M.C. / Selistre de Araujo, H.S. / Arni, R. / Ward, R.J. / Ownby, C.L. / de Souza, D.H.F. / Garratt, R.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 36.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 28.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14049.392 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Details: Snake venom protein Source: (natural) ![]() Species: Agkistrodon contortrix / Strain: laticinctus / References: UniProt: P49121, ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 49.1 % | ||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: TRIS-HCl, ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 10, 2002 / Details: mirror |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→19.537 Å / Num. all: 13416 / Num. obs: 13416 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 8.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.89 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.361 / % possible all: 99.6 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 50 Å / Num. obs: 13872 / Num. measured all: 119620 |
Reflection shell | *PLUS Lowest resolution: 1.85 Å / % possible obs: 99.6 % |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: Myotoxin ACL I Resolution: 1.8→19.537 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 2.621 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.124 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.917 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→19.537 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.8 Å / Lowest resolution: 50 Å / Rfactor Rfree![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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