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- PDB-5bpq: Crystal structure of the cysteine-rich domain of human Frizzled 4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bpq
タイトルCrystal structure of the cysteine-rich domain of human Frizzled 4 - Crystal Form II
要素Frizzled-4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt signalling pathway (Wntシグナル経路) / Glycoprotein (糖タンパク質) / G protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / receptor for Norrin recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / progesterone secretion / retinal blood vessel morphogenesis / locomotion involved in locomotory behavior / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Signaling by RNF43 mutants ...cerebellum vasculature morphogenesis / Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / progesterone secretion / retinal blood vessel morphogenesis / locomotion involved in locomotory behavior / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Signaling by RNF43 mutants / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / endothelial cell differentiation / Wnt-protein binding / establishment of blood-brain barrier / Class B/2 (Secretin family receptors) / negative regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of dendrite morphogenesis / cytokine receptor activity / cytokine binding / canonical Wnt signaling pathway / 脈管形成 / cellular response to retinoic acid / Regulation of FZD by ubiquitination / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to leukemia inhibitory factor / Asymmetric localization of PCP proteins / G protein-coupled receptor activity / PDZ domain binding / sensory perception of sound / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / neuron differentiation / Wntシグナル経路 / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cell-cell junction / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / Ca2+ pathway / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / 血管新生 / cell population proliferation / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / protein heterodimerization activity / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / 樹状突起 / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / protein homodimerization activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain ...Frizzled-4 / Frizzled 4, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chang, T.-H. / Hsieh, F.-L. / Harlos, K. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0900084 英国
Cancer Research UKC375/A10976 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structure and functional properties of Norrin mimic Wnt for signalling with Frizzled4, Lrp5/6, and proteoglycan.
著者: Chang, T.H. / Hsieh, F.L. / Zebisch, M. / Harlos, K. / Elegheert, J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2015年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22015年7月29日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-4
B: Frizzled-4
C: Frizzled-4
D: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7419
ポリマ－66,8214
非ポリマー9205
水1,24369
1
A: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9623
ポリマ－16,7051
非ポリマー2572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9262
ポリマ－16,7051
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9262
ポリマ－16,7051
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Frizzled-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9262
ポリマ－16,7051
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.075, 76.075, 204.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Frizzled-4 / / hFz4 / FzE4


分子量: 16705.232 Da / 分子数: 4 / 断片: cysteine-rich domain, UNP residues 42-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD4 / プラスミド: pHLsec-mVenus-12H / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULV1
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / hFz4 / FzE4 / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 断片: cysteine-rich domain, UNP residues 42-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD4 / プラスミド: pHLsec-mVenus-12H / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.1 M NaCl, 1.6 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.37 Å / Num. obs: 25975 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 103121
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.4-2.494.10.6062.21115727240.8140.33999.4
8.98-47.373.60.02237.717734900.9990.01395.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.4 Å47.37 Å
Translation2.4 Å47.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
xia2データ削減
Aimless0.1.29データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BPB

5bpb


解像度: 2.4→65.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 21.577 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2429 1322 5.1 %RANDOM
Rwork0.2037 ---
obs0.2058 24639 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 160.44 Å2 / Biso mean: 74.887 Å2 / Biso min: 28.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20.33 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----2.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→65.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3765 0 1 69 3835
Biso mean--87.11 68.41 -
残基数----479
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0193885
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0751.9875278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76238344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6165471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.07424.969163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.57815653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1541515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9723.251896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9713.2491895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2694.8692363
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.70837484
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free43.226544
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.65457390
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 94 -
Rwork0.287 1833 -
all-1927 -
obs--99.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6435-0.8246-0.54633.47340.96842.8359-0.0071-0.04910.045-0.10850.0077-0.2951-0.00450.2828-0.00050.0081-0.0032-0.03290.3299-0.09990.564267.373649.50079.4576
25.81311.96330.37423.43240.92982.3204-0.0637-0.07560.0210.15090.1080.30380.138-0.3001-0.04430.05260.0603-0.05180.4974-0.07580.6759105.137749.64899.3538
34.9968-0.76620.18675.81550.65182.94020.05360.18470.6059-0.0825-0.18560.5533-0.8719-0.59620.1320.37540.0902-0.01830.4407-0.06960.64384.532212.208823.2084
42.50280.5028-0.67673.3712-0.04725.98320.143-0.3244-0.47650.3294-0.17520.11180.6296-0.05630.03220.1871-0.0204-0.09580.25510.03990.627650.102430.61338.3165
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A44 - 162
2X-RAY DIFFRACTION2B44 - 162
3X-RAY DIFFRACTION3C45 - 162
4X-RAY DIFFRACTION4D44 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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