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- PDB-5b43: Crystal structure of Acidaminococcus sp. Cpf1 in complex with crR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b43
タイトルCrystal structure of Acidaminococcus sp. Cpf1 in complex with crRNA and target DNA
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cpf1
  • DNA (34-MER)
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*A)-3')
  • RNA (43-MER)
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / nuclease (ヌクレアーゼ) / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


枯草菌リボヌクレアーゼ / Bacillus subtilis ribonuclease activity / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas12a / Cas12a, REC1 domain / Cas12a, RuvC nuclease domain / Cas12a, nuclease domain / Alpha helical recognition lobe domain / Nuclease domain / RuvC nuclease domain
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas12a
類似検索 - 構成要素
生物種Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア)
Acidaminococcus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yamano, T. / Nishimasu, H. / Hirano, H. / Nakane, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Cpf1 in Complex with Guide RNA and Target DNA
著者: Yamano, T. / Nishimasu, H. / Zetsche, B. / Hirano, H. / Slaymaker, I.M. / Li, Y. / Fedorova, I. / Nakane, T. / Makarova, K.S. / Koonin, E.V. / Ishitani, R. / Zhang, F. / Nureki, O.
履歴
登録2016年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22017年10月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cpf1
B: RNA (43-MER)
C: DNA (34-MER)
D: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,1058
ポリマ－178,8964
非ポリマー2094
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16570 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area64070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.515, 136.732, 196.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 DNA (34-MER) / Target DNA


分子量: 10443.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Acidaminococcus (バクテリア)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*TP*TP*A)-3')


分子量: 2994.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Acidaminococcus (バクテリア)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cpf1 / AsCpf1


分子量: 151701.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidaminococcus sp. BV3L6 (バクテリア)
株: BV3L6 / 遺伝子: cpf1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: U2UMQ6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (43-MER) / crRNA


分子量: 13756.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Acidaminococcus (バクテリア)

-
非ポリマー , 3種, 29分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: PEG3350, sodium acetate, 1,6-hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→196.91 Å / Num. obs: 54319 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.88 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→56.155 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 2656 4.9 %
Rwork0.2203 --
obs0.2221 54241 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→56.155 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10157 1657 13 25 11852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44716956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0867097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031896
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.85090.33921510.33732649X-RAY DIFFRACTION98
2.8509-2.90580.33371160.31392734X-RAY DIFFRACTION99
2.9058-2.96510.3961490.31572646X-RAY DIFFRACTION99
2.9651-3.02950.32491260.30392691X-RAY DIFFRACTION99
3.0295-3.10.30571380.2882655X-RAY DIFFRACTION98
3.1-3.17750.31841510.27432660X-RAY DIFFRACTION98
3.1775-3.26340.28271310.26252651X-RAY DIFFRACTION97
3.2634-3.35940.28381410.25272689X-RAY DIFFRACTION100
3.3594-3.46790.29821390.25082725X-RAY DIFFRACTION99
3.4679-3.59180.29331420.24912729X-RAY DIFFRACTION100
3.5918-3.73560.28631360.2422718X-RAY DIFFRACTION99
3.7356-3.90550.24261350.22292720X-RAY DIFFRACTION99
3.9055-4.11140.22661420.20082711X-RAY DIFFRACTION99
4.1114-4.36890.22821520.18692721X-RAY DIFFRACTION99
4.3689-4.7060.2031250.18282682X-RAY DIFFRACTION97
4.706-5.17930.2191520.17952740X-RAY DIFFRACTION99
5.1793-5.92810.21641430.18952785X-RAY DIFFRACTION99
5.9281-7.4660.24361270.21822832X-RAY DIFFRACTION99
7.466-56.16640.24851600.18192847X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4673-0.2560.75650.2059-0.49793.0628-0.25050.06150.28950.15720.034-0.033-0.90460.12020.14830.6281-0.064-0.07210.37040.05310.526332.43134.3683-9.5416
20.4995-0.60120.74870.8232-0.78062.35020.02210.38860.06950.0455-0.2384-0.0859-0.09990.79310.1530.348-0.0634-0.00160.61640.17780.451836.3972-5.5227-43.4603
32.10460.06480.02011.9674-2.66174.05970.1847-0.3014-0.3819-0.2115-0.05360.14970.41160.0953-0.14350.48110.0647-0.06550.2898-0.02060.463931.1812-39.2482-15.6655
40.03310.0258-0.08880.0962-0.0070.2581-0.3001-0.2088-0.03370.2987-0.5533-0.66760.1011.67510.40360.556-0.2252-0.25951.87450.92940.704856.0702-3.0914-37.7511
56.9533-0.9887-3.33771.6689-0.10032.7159-0.25640.7627-0.1121-0.2878-0.5091-0.516-0.25820.76190.36670.4771-0.01930.03921.72990.44810.648460.0782-10.2632-39.2794
6-0.2462-0.10930.80320.6524-0.12913.18310.06010.1630.13760.0532-0.0786-0.1652-0.84230.74390.02580.4816-0.1066-0.08950.68130.20450.463538.2836-1.9513-21.6946
78.8153-3.9255-1.04242.6526-2.14287.81380.46230.3736-0.30290.1815-0.70310.5178-0.66060.17450.12820.61360.0375-0.0140.5510.04140.371433.6205-12.782311.1015
86.59781.3953-1.23325.61392.29291.9131-0.3562-0.5809-0.1172-0.2671-0.5995-0.7202-0.6981.43350.91320.56750.05320.02360.91050.20740.584837.4604-11.36783.145
90.30360.30281.65970.21530.17185.0379-0.02080.1370.1540.17340.03380.082-0.68650.32620.04220.5598-0.055-0.08040.57410.12320.454330.51544.7337-28.0359
103.63453.273.6913.50722.52945.040.4224-0.05532.40770.5792-1.0373-0.1784-2.66291.49080.5022.1621-0.1675-0.13880.71730.1331.713523.752433.0729-48.1624
112.88790.7589-1.36833.27471.67753.9997-0.3360.76611.1641-0.701-0.42390.3334-1.1407-0.0794-0.31041.5618-0.316-0.51960.45610.57240.982923.225125.0076-50.0547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 577 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 578 through 1024 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1025 through 1307 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -19 through -15 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -14 through -5 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid -4 through 15 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 16 through 20 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid -19 through -15 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid -14 through 5 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 6 through 10 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid -10 through -1 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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