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万見
- PDB-4zyj: Streptomyces peucetius nitrososynthase dnmZ in TDP-bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zyj
タイトルStreptomyces peucetius nitrososynthase dnmZ in TDP-bound state
要素DnmZ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / nitrososynthase / flavin monooxygenase / aminosugar / cis-peptide / acyl-coA dehydrogenase (アシルCoAデヒドロゲナーゼ) / flavin
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / antibiotic biosynthetic process / monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain ...Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Βバレル / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Amino sugar nitrososynthase DnmZ
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces peucetius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.736 Å
データ登録者Sartor, L.M. / Vey, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
CSU Program for Education and Research in Biotechnology 米国
CSUN Office of Research and Sponsored Projects 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5SC2AI109500 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Structure of DnmZ, a nitrososynthase in the Streptomyces peucetius anthracycline biosynthetic pathway.
著者: Sartor, L. / Ibarra, C. / Al-Mestarihi, A. / Bachmann, B.O. / Vey, J.L.
履歴
登録2015年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnmZ
B: DnmZ
C: DnmZ
D: DnmZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,2518
ポリマ－181,6434
非ポリマー1,6094
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15530 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area54840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.483, 134.667, 144.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALAA12 - 40532 - 425
21VALVALBB12 - 40532 - 425
12GLYGLYAA11 - 40531 - 425
22GLYGLYCC11 - 40531 - 425
13GLYGLYAA11 - 40531 - 425
23GLYGLYDD11 - 40531 - 425
14VALVALBB12 - 40532 - 425
24VALVALCC12 - 40532 - 425
15VALVALBB12 - 40532 - 425
25VALVALDD12 - 40532 - 425
16GLYGLYCC11 - 40531 - 425
26GLYGLYDD11 - 40531 - 425

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
DnmZ


分子量: 45410.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア)
遺伝子: dnmZ / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R4I990*PLUS, EC: 1.14.13.187
#2: 化合物
ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP / チミジン二リン酸


分子量: 402.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4
詳細: 0.1 M glycine, 0.12 M ammonium sulfate, 12% PEG2000, pH 9.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月13日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.736→39.426 Å / Num. obs: 51414 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 74.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 32.9 / Num. measured all: 325167
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.736-2.8850.354.13366767040.170.354.188.9
2.88-3.066.90.2353.34931371360.0960.2357.699.9
3.06-3.276.70.1395.64518567200.0580.13912.799.9
3.27-3.536.40.0898.63983962560.0380.08919.999.8
3.53-3.876.60.05314.43796457870.0220.05332.999.8
3.87-4.336.20.033223221752340.0150.03347.499.7
4.33-56.70.02429.43140146790.010.02463.599.9
5-6.126.40.02330.92567039870.010.02360.299.9
6.12-8.656.30.01833.91944931110.0080.01876.199.8
8.65-39.4265.80.01243.81046218000.0050.012104.198.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3MXL

3mxl


解像度: 2.736→39.426 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2347 2618 5.1 %RANDOM
Rwork0.1735 ---
obs0.1766 48689 97.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 183.62 Å2 / Biso mean: 61.685 Å2 / Biso min: 27.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.736→39.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11558 0 100 113 11771
Biso mean--94.65 50.7 -
残基数----1551
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01911838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7621.98816073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3751537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.11921.677495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.864151863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.88215148
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218964
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A4990.09
12B4990.09
21A5090.09
22C5090.09
31A5080.08
32D5080.08
41B4910.09
42C4910.09
51B4940.08
52D4940.08
61C5040.08
62D5040.08
LS精密化 シェル解像度: 2.736→2.807 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 123 -
Rwork0.273 2699 -
all-2822 -
obs--77.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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