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Yorodumi- PDB-4zah: Crystal structure of sugar aminotransferase WecE with External Al... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zah | |||||||||
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Title | Crystal structure of sugar aminotransferase WecE with External Aldimine VII from Escherichia coli K-12 | |||||||||
Components | dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / sugar aminotransferase / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro | |||||||||
Function / homology | Function and homology information dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase / dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase activity / enterobacterial common antigen biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.24 Å | |||||||||
Authors | Wang, F. / Singh, S. / Cao, H. / Xu, W. / Miller, M.D. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2015 Title: Structural Basis for the Stereochemical Control of Amine Installation in Nucleotide Sugar Aminotransferases. Authors: Wang, F. / Singh, S. / Xu, W. / Helmich, K.E. / Miller, M.D. / Cao, H. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zah.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zah.ent.gz | 1014.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zah.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/4zah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/4zah | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4piwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44117.266 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: rffA, wecE, yifI, b3791, JW3765 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: P27833, dTDP-4-amino-4,6-dideoxygalactose transaminase #2: Chemical | ChemComp-T5K / [[( #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 10% v/v 2-Propanol, 0.1M Sodium Citrate pH 5.0, 26% v/v PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 30, 2014 |
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.24→48.207 Å / Num. obs: 233383 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.63 % / Biso Wilson estimate: 35.87 Å2 / Rmerge F obs: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.253 / Rrim(I) all: 0.332 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 5.58 / Num. measured all: 2362623 |
Reflection shell | Resolution: 2.24→2.27 Å / Rmerge F obs: 0.021 / Rmerge(I) obs: 1.465 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. measured obs: 24887 / Num. possible: 60604 / Num. unique obs: 13649 / Rrim(I) all: 12.315 / Rejects: 0 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4PIW Resolution: 2.24→48.207 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 29.98 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.24→48.207 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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