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Yorodumi- PDB-4ot8: X-ray Crystal Structure of Serine Hydroxymethyl Transferase from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ot8 | ||||||
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Title | X-ray Crystal Structure of Serine Hydroxymethyl Transferase from Burkholderia cenocepacia bound to PLP and Serine | ||||||
Components | Serine hydroxymethyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / serine hydroxymethyl transferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia cenocepacia (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: X-ray Crystal Structure of Serine Hydroxymethyl Transferase from Burkholderia cenocepacia bound to PLP and Serine Authors: Fairman, J.W. / Jensen, M.M. / Sullivan, A.H. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ot8.cif.gz | 630.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ot8.ent.gz | 520.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ot8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4ot8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4ot8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4msoS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 45983.215 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia cenocepacia (bacteria) / Strain: J2315 / Gene: glyA, BCAL3197 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: B4ECY9, glycine hydroxymethyltransferase #2: Chemical | ChemComp-PLP / #3: Chemical | ChemComp-SER / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: MCSG1 condition F2: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.50, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 16, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→89.92 Å / Num. all: 107749 / Num. obs: 98253 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.381 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 8.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4MSO Resolution: 2→42.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.97 / Stereochemistry target values: ML Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.52 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→42.37 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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