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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yii | ||||||
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タイトル | Structure of an APC2-UBCH10 complex reveals distinctive cullin-RING ligase mechanism for Anaphase-promoting complex/Cyclosome | ||||||
要素 |
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キーワード | ligase/cell cycle / ligase-cell cycle complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of exit from mitosis / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process ...positive regulation of exit from mitosis / free ubiquitin chain polymerization / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of synaptic plasticity / Phosphorylation of the APC/C / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / exit from mitosis / protein K11-linked ubiquitination / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / ユビキチン結合酵素 / ubiquitin-like protein ligase binding / ubiquitin conjugating enzyme activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / protein K48-linked ubiquitination / positive regulation of axon extension / ubiquitin ligase complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / regulation of mitotic cell cycle / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nervous system development / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 細胞分化 / protein ubiquitination / 細胞分裂 / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.804 Å | ||||||
データ登録者 | Brown, N.G. / Cho, S.E. / Schulman, B.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: Crystal Structure of E2 Complex 著者: Brown, N.G. / Cho, S.E. / Schulman, B.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yii.cif.gz | 59.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yii.ent.gz | 40.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yii.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/4yii ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/4yii | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17360.707 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 27-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2C, UBCH10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00762, ユビキチンリガーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10259.662 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 735-822 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC2, APC2, KIAA1406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJX6 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.87 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3000, MES / PH範囲: 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2826 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2826 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 21055 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 28.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.347 / Num. unique all: 21055 / % possible all: 68.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1LDD, 1I7K 解像度: 1.804→44.272 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.613 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.804→44.272 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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