+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6w2w | ||||||
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Title | Junction 24, DHR14-DHR18 | ||||||
Components | Junction 24 DHR14-DHR18 | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Designed helical repeat / computational design | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.21 Å | ||||||
Authors | Bick, M.J. / Brunette, T.J. / Baker, D. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020 Title: Modular repeat protein sculpting using rigid helical junctions. Authors: Brunette, T.J. / Bick, M.J. / Hansen, J.M. / Chow, C.M. / Kollman, J.M. / Baker, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6w2w.cif.gz | 122.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6w2w.ent.gz | 96.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6w2w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26721.932 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Plasmid: pET29b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Lemo21 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: Crystals were grown in Qiagen JCSG+ suite condition D9 (0.19M Ammonium sulfate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) glycerol) and required no additional cryopreservation |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen cryo stream / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.999989 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 27, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999989 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 13697 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 43.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.738 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 77173 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Computational design model Resolution: 2.21→43.714 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 28.26
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 159.36 Å2 / Biso mean: 70.8442 Å2 / Biso min: 32.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.21→43.714 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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