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- PDB-4y7j: Structure of an archaeal mechanosensitive channel in expanded state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y7j
タイトルStructure of an archaeal mechanosensitive channel in expanded state
要素Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / mechanosensitive channel / mechanosensation
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin synthase / riboflavin synthase activity / riboflavin synthase complex / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / riboflavin biosynthetic process / monoatomic ion transport / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Riboflavin synthase, archaeal / Large-conductance mechanosensitive channel MscL / Large-conductance mechanosensitive channel/anditomin synthesis protein L / Large-conductance mechanosensitive channel, MscL / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
Riboflavin synthase / Large conductance mechanosensitive channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌)
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Li, J. / Liu, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB08020302 中国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB910301 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Mechanical coupling of the multiple structural elements of the large-conductance mechanosensitive channel during expansion
著者: Li, J. / Guo, J. / Ou, X. / Zhang, M. / Li, Y. / Liu, Z.
履歴
登録2015年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase
B: Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase
C: Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase
D: Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase
E: Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,6536
ポリマ－154,3475
非ポリマー3061
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22070 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area60710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.360, 149.250, 99.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A4 - 241
2010B4 - 241
1020A4 - 243
2020C4 - 243
1030A4 - 242
2030D4 - 242
1040A4 - 243
2040E4 - 243
1050B4 - 241
2050C4 - 241
1060B4 - 241
2060D4 - 241
1070B4 - 241
2070E4 - 241
1080C4 - 242
2080D4 - 242
1090C4 - 248
2090E4 - 248
10100D4 - 242
20100E4 - 242

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

#1: タンパク質
Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase / MscL


分子量: 30869.348 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimera of Large conductance mechanosensitive channel protein and Riboflavin synthase
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌), (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: C2A, DSM 2661 / 遺伝子: MA_2285, ribC, MJ1184 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8TNK0, UniProt: Q58584
#2: 糖 ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M NaCl, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→40 Å / Num. obs: 17722 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 4.1→4.2 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.938 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B98

2b98


解像度: 4.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 83.545 / SU ML: 1.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37582 898 5.1 %RANDOM
Rwork0.32073 ---
obs0.32335 16770 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 254.683 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.01 Å20 Å2-0 Å2
2---10.67 Å2-0 Å2
3---18.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8872 0 21 0 8893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0199057
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1161.98312234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.03851156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg46.48325.26308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.783151623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6741514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.21461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it14.14926.584662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it23.79239.7535804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.9628.424392
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined44.09738332
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A4260.32
12B4260.32
21A4220.34
22C4220.34
31A4160.34
32D4160.34
41A4140.32
42E4140.32
51B4360.32
52C4360.32
61B4480.29
62D4480.29
71B4140.36
72E4140.36
81C4600.3
82D4600.3
91C4500.32
92E4500.32
101D4180.31
102E4180.31
LS精密化 シェル解像度: 4.1→4.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 66 -
Rwork0.455 1220 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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