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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4x9f | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Dscam1 isoform 6.9, N-terminal four Ig domains | |||||||||
要素 | Down Syndrome Cell Adhesion Molecule isoform 6.9 | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / Ig fold | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DSCAM interactions / mushroom body development / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / detection of molecule of bacterial origin / central nervous system morphogenesis / ventral cord development / axon extension involved in axon guidance / axon guidance receptor activity / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity ...DSCAM interactions / mushroom body development / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / detection of molecule of bacterial origin / central nervous system morphogenesis / ventral cord development / axon extension involved in axon guidance / axon guidance receptor activity / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / peripheral nervous system development / axonal fasciculation / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of axonogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / neuron development / 食作用 / central nervous system development / antigen binding / 軸索誘導 / perikaryon / neuron projection / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, Q. / Yu, Y. / Li, S.A. / Cheng, L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2016 タイトル: Structural basis of Dscam1 homodimerization: Insights into context constraint for protein recognition 著者: Li, S.A. / Cheng, L. / Yu, Y. / Chen, Q. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4x9f.cif.gz | 179.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4x9f.ent.gz | 139.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4x9f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/4x9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/4x9f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4wvrC 4x5lC 4x83C 4x8xC 4x9bC 4x9gC 4x9hC 4x9iC 4xb7C 4xb8C 4xhqC 2v5mS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43546.188 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal four Ig domains / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q0E9K4*PLUS |
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-糖 , 2種, 4分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 233分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.29 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 0.2M Ammonium Sulfate, 25% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 42006 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.9 % / Net I/σ(I): 27.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2V5M 解像度: 2.35→38.305 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.39 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→38.305 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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