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- PDB-4wdg: Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodies... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wdg
タイトルCatalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodiesterase, with mutation V321A, complexed with 2',5'-ADP
要素2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / myelin (髄鞘) / nervous system (神経系)
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath abaxonal region / myelin sheath adaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / 仮足 / 微絨毛 ...cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath abaxonal region / myelin sheath adaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / 仮足 / 微絨毛 / forebrain development / 軸索誘導 / adult locomotory behavior / cell projection / response to toxic substance / メラノソーム / 髄鞘 / 微小管 / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / ミトコンドリア内膜 / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / RNA binding / 生体膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase fold / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase superfamily / Cyclic nucleotide phosphodiesterase / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase (CNP or CNPase) / Cyclic phosphodiesterase / AAA domain / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Kursula, P.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Determinants of ligand binding and catalytic activity in the myelin enzyme 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase.
著者: Raasakka, A. / Myllykoski, M. / Laulumaa, S. / Lehtimaki, M. / Hartlein, M. / Moulin, M. / Kursula, I. / Kursula, P.
履歴
登録2014年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6932
ポリマ－24,2661
非ポリマー4271
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.330, 46.940, 106.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / / CNPase


分子量: 24265.875 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, residues 179-378 / 変異: V321A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cnp, Cnp1 / プラスミド: pTH27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: P16330, 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-A2P / ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / 2′,5′-ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na-acetate, PEG 4000 / 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.03149 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03149 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→60 Å / Num. obs: 13665 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 42.89 Å2 / Rmerge F obs: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.71 / Num. measured all: 90138
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.05-2.16.70.4971.6511.0866829929911.78999.9
2.1-2.160.6081.3291.465639769761.441100
2.16-2.220.7361.1081.6259099239231.206100
2.22-2.290.7830.9591.8858829199171.04499.8
2.29-2.370.8550.832.460418778770.898100
2.37-2.450.8770.752.659468638610.81199.8
2.45-2.540.8830.6063.2655098258230.65899.8
2.54-2.650.9460.474.1952388068020.51299.5
2.65-2.760.9610.345.6748487807800.371100
2.76-2.90.9750.2767.1947957217180.399.6
2.9-3.060.9850.2249.1947087007000.244100
3.06-3.240.9740.20912.4146586826800.22899.7
3.24-3.470.9860.15915.9141766346340.173100
3.47-3.740.990.12418.5538665895880.13699.8
3.74-4.10.9920.09722.3638625575570.105100
4.1-4.580.9930.07924.5633225015010.086100
4.58-5.290.9940.07223.6627244534520.07999.8
5.29-6.480.9890.06824.3424803803790.07599.7
6.48-9.170.9960.05525.6719113153130.06199.4
9.170.9980.04324.710181991930.04797

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xmi

2xmi


解像度: 2.05→53.445 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2921 1359 10 %
Rwork0.2355 12237 -
obs0.2413 13596 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 199.28 Å2 / Biso mean: 77.0938 Å2 / Biso min: 31.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→53.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1661 0 38 39 1738
Biso mean--84.47 47.81 -
残基数----214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7012331
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.721631
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0499-2.12320.41781320.411199133199
2.1232-2.20820.41691320.373411911323100
2.2082-2.30870.37351350.37251197133299
2.3087-2.43050.40781340.352412131347100
2.4305-2.58270.42941340.337112031337100
2.5827-2.78210.36511340.336812091343100
2.7821-3.06210.36151330.303112031336100
3.0621-3.50510.27811390.218612451384100
3.5051-4.41570.23421390.178912531392100
4.4157-53.46310.23991470.1711324147199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0062-1.54571.83735.0668-0.95623.75510.0394-0.032-0.10020.51790.03590.03560.07350.2131-0.09820.4302-0.03680.08150.28420.00370.3261-2.95898.1956-18.0117
22.1285-2.0490.39034.9668-2.60273.5381-0.1999-0.3667-0.27171.13550.3890.6262-0.0093-0.2343-0.05690.68470.02110.120.41540.02150.5072-5.08144.7198-10.5199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 162 through 290 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 291 through 378 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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