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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kxm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DNPH1 (RCL) WITH N6-ISOPENTENYL-AMP | ||||||
![]() | 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1 | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Purine catabolism / deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / allantoin metabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Padilla, A. / Labesse, G. / Kaminski, P.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: N (6)-substituted AMPs inhibit mammalian deoxynucleotide N-hydrolase DNPH1. 著者: Amiable, C. / Pochet, S. / Padilla, A. / Labesse, G. / Kaminski, P.A. #1: ![]() タイトル: Structure of the oncoprotein Rcl bound to three nucleotide analogues. 著者: Padilla, A. / Amiable, C. / Pochet, S. / Kaminski, P.A. / Labesse, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 230.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 184.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: 6IA / End label comp-ID: 6IA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 10 - 201 / Label seq-ID: 3
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17173.334 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 11-151 / 変異: D69N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: O35820, ![]() #2: 化合物 | ChemComp-6IA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% PEG8K, 100 MM NaCaCo, 200 MM ZINC ACETATE, PH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K |
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月18日 |
放射 | モノクロメーター: CHANNEL CUT ESRF MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.24→40.97 Å / Num. obs: 21068 / % possible obs: 92.04 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.24→2.39 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 65.4 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4FYI 解像度: 2.24→38.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 14.052 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.596 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 44.69 Å2 / Biso mean: 15.7391 Å2 / Biso min: 4.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.24→38.71 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.24→2.298 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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