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万見
- PDB-4w7y: Dimeric BAP29 vDED with disulfide bonds in crystal contacts -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4w7y
タイトルDimeric BAP29 vDED with disulfide bonds in crystal contacts
要素B-cell receptor-associated protein 29
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Coiled coil (コイルドコイル) / nanomaterial (ナノマテリアル)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / osteoblast differentiation / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
B-cell receptor-associated protein 29/31 / BAP29/BAP31, transmembrane domain / Bap31/Bap29 cytoplasmic coiled-coil domain / Bap31/Bap29 transmembrane region / Bap31/Bap29 cytoplasmic coiled-coil domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #110 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / B-cell receptor-associated protein 29
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Quistgaard, E.M.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2014
タイトル: A disulfide polymerized protein crystal.
著者: Quistgaard, E.M.
履歴
登録2014年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell receptor-associated protein 29
B: B-cell receptor-associated protein 29
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7585
ポリマ－15,4622
非ポリマー2953
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area10130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.870, 118.870, 30.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 B-cell receptor-associated protein 29 / Bap29


分子量: 7731.090 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 168-229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAP29, BAP29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHQ4
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.56 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: Grown in 34% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 100 mM Na acetate pH 4.6 and 20 mM CaCl2 using SeMet labeled protein purified in 20 mM Tris pH 8, 150 mM NaCl and 2 mM tris(2-carboxyethyl) ...詳細: Grown in 34% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 100 mM Na acetate pH 4.6 and 20 mM CaCl2 using SeMet labeled protein purified in 20 mM Tris pH 8, 150 mM NaCl and 2 mM tris(2-carboxyethyl)phosphine (TECEP) and concentrated to ~13 mg/mL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→34.31 Å / Num. obs: 16720 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 17.09
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.93 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→34.315 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 25.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 787 4.71 %Random
Rwork0.1953 ---
obs0.1973 16718 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.315 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1044 0 20 31 1095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121065
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2751411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.189440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006183
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5002-2.65670.27011090.2552651X-RAY DIFFRACTION100
2.6567-2.86180.29641430.23112659X-RAY DIFFRACTION100
2.8618-3.14960.26051390.222648X-RAY DIFFRACTION100
3.1496-3.60490.27071210.20572667X-RAY DIFFRACTION100
3.6049-4.54020.22291320.17022667X-RAY DIFFRACTION100
4.5402-34.3180.20491430.18312639X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 71.3112 Å / Origin y: -8.0539 Å / Origin z: 3.9062 Å
111213212223313233
T0.7042 Å20.1281 Å2-0.0007 Å2-0.3975 Å20.0776 Å2--0.5048 Å2
L1.2608 °2-1.9849 °20.4097 °2-5.6933 °2-0.9965 °2--0.4455 °2
S0.0137 Å °-0.1544 Å °-0.3698 Å °-0.4709 Å °0.0961 Å °-0.1191 Å °0.4826 Å °0.1735 Å °-0.1445 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' or chain 'B'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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