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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r2f | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of TEX12 F102A F109E V116A in an alternative conformation | |||||||||
要素 | Testis-expressed protein 12 | |||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Synaptonemal complex / meiosis (減数分裂) / recombination (遺伝的組換え) / coiled-coil (コイルドコイル) / self-assembly (自己集合) / TEX12 | |||||||||
機能・相同性 | Testis-expressed sequence 12 protein / Testis-expressed 12 / meiotic DNA repair synthesis / 中心 (代数学) / synaptonemal complex assembly / Meiotic synapsis / 染色体 / Testis-expressed protein 12 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å | |||||||||
データ登録者 | Dunce, J.M. / Davies, O.R. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Meiotic synaptonemal complex extension through fibrous assembly of SYCE2-TEX12 著者: Dunce, J.M. / Salmon, L.J. / Davies, O.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r2f.cif.gz | 121.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6r2f.ent.gz | 96.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6r2f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8981.099 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEX12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXU0 #2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithum nitrate, 40 % MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.29→40.41 Å / Num. obs: 18314 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.29→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 1.419 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1770 / Rpim(I) all: 0.552 / Rrim(I) all: 1.525 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Ab initio models 解像度: 2.29→40.41 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.02
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29→40.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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