[日本語] English
万見
- PDB-4up5: Crystal structure of the Pygo2 PHD finger in complex with the B9L... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4up5
タイトルCrystal structure of the Pygo2 PHD finger in complex with the B9L HD1 domain and a chemical fragment
要素PYGOPUS HOMOLOG 2, B-CELL CLL/LYMPHOMA 9-LIKE PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / PYGO / WNT SIGNALLING (Wntシグナル経路) / HISTONE H3 (ヒストンH3) / FRAGMENT SCREENING
機能・相同性
機能・相同性情報


histone acetyltransferase regulator activity / spermatid nucleus differentiation / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / beta-catenin-TCF complex / mammary gland development / regulation of cell morphogenesis / myoblast differentiation / lens development in camera-type eye / roof of mouth development / skeletal muscle cell differentiation ...histone acetyltransferase regulator activity / spermatid nucleus differentiation / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / beta-catenin-TCF complex / mammary gland development / regulation of cell morphogenesis / myoblast differentiation / lens development in camera-type eye / roof of mouth development / skeletal muscle cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / developmental growth / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / kidney development / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / brain development / 核小体 / beta-catenin binding / histone binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
B Cell Lymphoma 9 / B-cell lymphoma 9, beta-catenin binding domain / B-cell lymphoma 9 protein / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger ...B Cell Lymphoma 9 / B-cell lymphoma 9, beta-catenin binding domain / B-cell lymphoma 9 protein / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-methoxy-1,3-benzothiazol-2-amine / B-cell CLL/lymphoma 9-like protein / Pygopus homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Miller, T.C.R. / Fiedler, M. / Rutherford, T.J. / Birchall, K. / Chugh, J. / Bienz, M.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Competitive Binding of a Benzimidazole to the Histone-Binding Pocket of the Pygo Phd Finger.
著者: Miller, T.C.R. / Rutherford, T.J. / Birchall, K. / Chugh, J. / Fiedler, M. / Bienz, M.
履歴
登録2014年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PYGOPUS HOMOLOG 2, B-CELL CLL/LYMPHOMA 9-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8494
ポリマ－10,5381
非ポリマー3113
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.270, 54.270, 57.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 PYGOPUS HOMOLOG 2, B-CELL CLL/LYMPHOMA 9-LIKE PROTEIN / PYGO2 / B9L / B-CELL LYMPHOMA 9-LIKE PROTEIN / BCL9-LIKE PROTEIN / PROTEIN BCL9-2


分子量: 10537.676 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD FINGER, HD1,RESIDUES 327-387,240-268 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETM11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL / 参照: UniProt: Q9BRQ0, UniProt: Q86UU0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-94W / 6-methoxy-1,3-benzothiazol-2-amine / 6-メトキシベンゾチアゾ-ル-2-アミン


分子量: 180.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8N2OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GLYCINE (REMNANT OF TEV CLEAVAGE SITE), PYGO2 PHD FINGER ( AAS 327-387), ARTIFICIAL LINKER (8AA ...GLYCINE (REMNANT OF TEV CLEAVAGE SITE), PYGO2 PHD FINGER ( AAS 327-387), ARTIFICIAL LINKER (8AA LINKER-GSGSGSGS), B9L HD1 DOMAIN (AAS 235-263) IS MAPPED TO ISOFORM 2 OF Q86UU0

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 60% TACSIMATE, PH 7.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0332
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月12日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→31.95 Å / Num. obs: 10894 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 1.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0002精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XB1

2xb1


解像度: 1.65→39.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.86 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CHAIN A RESIDUES 383-387 AND 8AA GSGSGSGS LINKER ARE DISORDERED CHAIN B RESIDUE 263 IS DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21117 523 4.8 %RANDOM
Rwork0.1819 ---
obs0.18333 10327 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.805 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→39.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数642 0 14 36 692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.019667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0971.94908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03931331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.966583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.07224.33330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.5361595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.569153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02151
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 34 -
Rwork0.268 655 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る