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- PDB-4rfm: ITK kinase domain in complex with compound 1 N-{1-[(1,1-dioxo-1-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rfm
タイトルITK kinase domain in complex with compound 1 N-{1-[(1,1-dioxo-1-thian-2-yl)(phenyl)methyl]-1H- pyrazol-4-yl}-5,5-difluoro-5a-methyl-1H,4H,4aH,5H,5aH,6H-cyclopropa[f]indazole-3-carboxamide
要素Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / kinase (キナーゼ) / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell activation / NK T cell differentiation / : / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / T細胞 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of cytokine production / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase ...gamma-delta T cell activation / NK T cell differentiation / : / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / T細胞 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of cytokine production / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / 獲得免疫系 / intracellular signal transduction / リン酸化 / シグナル伝達 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3P6 / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者McEwan, P.A. / Barker, J.J. / Eigenbrot, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Tetrahydroindazoles as Interleukin-2 Inducible T-Cell Kinase Inhibitors. Part II. Second-Generation Analogues with Enhanced Potency, Selectivity, and Pharmacodynamic Modulation in Vivo.
著者: Burch, J.D. / Barrett, K. / Chen, Y. / DeVoss, J. / Eigenbrot, C. / Goldsmith, R. / Ismaili, M.H. / Lau, K. / Lin, Z. / Ortwine, D.F. / Zarrin, A.A. / McEwan, P.A. / Barker, J.J. / ...著者: Burch, J.D. / Barrett, K. / Chen, Y. / DeVoss, J. / Eigenbrot, C. / Goldsmith, R. / Ismaili, M.H. / Lau, K. / Lin, Z. / Ortwine, D.F. / Zarrin, A.A. / McEwan, P.A. / Barker, J.J. / Ellebrandt, C. / Kordt, D. / Stein, D.B. / Wang, X. / Chen, Y. / Hu, B. / Xu, X. / Yuen, P.W. / Zhang, Y. / Pei, Z.
履歴
登録2014年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6322
ポリマ－30,1161
非ポリマー5161
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.006, 69.561, 47.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ITK/TSK / Interleukin-2-inducible T-cell kinase / IL-2-inducible T-cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific ...Interleukin-2-inducible T-cell kinase / IL-2-inducible T-cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific kinase / Tyrosine-protein kinase Lyk


分子量: 30116.418 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (UNP residues 357-620) / 変異: C477S, E614A, E617A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITK, EMT, LYK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08881, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-3P6 / (4aS,5aR)-N-{1-[(R)-[(2R)-1,1-dioxidotetrahydro-2H-thiopyran-2-yl](phenyl)methyl]-1H-pyrazol-4-yl}-5,5-difluoro-5a-methyl-1,4,4a,5,5a,6-hexahydrocyclopropa[f]indazole-3-carboxamide


分子量: 515.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27F2N5O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris.HCl (pH 8.0), 20 % PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月1日
放射モノクロメーター: Confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→32.47 Å / Num. obs: 13527 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→32.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 12.413 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26362 675 5 %RANDOM
Rwork0.20265 ---
obs0.20569 12851 96.86 %-
all-13960 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→32.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1977 0 36 87 2100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192087
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021956
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7761.9762833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91634503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2045251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96523.47495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.59915354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.841514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4922.9181001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4932.9161000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7054.3581250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7044.361251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0063.2521086
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0063.2521085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5784.7461580
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.54723.862390
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.54623.8672391
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 36 -
Rwork0.27 686 -
obs--72.2 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.2519 Å / Origin y: 0.1574 Å / Origin z: 13.9453 Å
111213212223313233
T0.0359 Å20.0004 Å2-0.0162 Å2-0.0454 Å2-0.0141 Å2--0.056 Å2
L0.7168 °20.1263 °2-0.3278 °2-0.6151 °2-0.1433 °2--0.3178 °2
S0.0053 Å °0.0374 Å °-0.0021 Å °-0.0531 Å °0.0221 Å °0.019 Å °-0.0239 Å °-0.0291 Å °-0.0274 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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