PDB-4rbw: Crystal structure of human alpha-defensin 5, HD5 (Thr7Arg Glu21Ar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rbw

タイトル

Crystal structure of human alpha-defensin 5, HD5 (Thr7Arg Glu21Arg mutant)

要素

Defensin-5

ディフェンシン

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / MUTANT T7R E21R-HD5 /

BETA-SHEET (Βシート) /

ANTIMICROBIAL PEPTIDE (抗微生物ペプチド) / PANETH CELLS DEFENSIN /

HUMAN ALPHA-DEFENSIN

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of membrane permeability /

ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / defense response to fungus /

小胞 /

innate immune response in mucosa /

分泌 / positive regulation of interleukin-8 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Pazgier, M. / Gohain, N. / Tolbert, W.D.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Design of a potent antibiotic peptide based on the active region of human defensin 5.
著者: Wang, C. / Shen, M. / Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Chen, F. / Zhang, N. / Yang, K. / Wang, A. / Su, Y. / Cheng, T. / Zhao, J. / Pazgier, M. / Wang, J.

履歴

登録	2014年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rbw.cif.gz	62.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rbw.ent.gz	49.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/4rbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/4rbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rbxC 1zmpS 4e82 4e83 4e86 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nr2-1 2aww-2 2mqj-d 5w0h-d 4hil-2 3g27-d 5i2v-d 3sd4-2 1ily-d 3mye-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (10) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Defensin-5

B: Defensin-5

C: Defensin-5

D: Defensin-5

ヘテロ分子

15.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Defensin-5

D: Defensin-5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.84 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Defensin-5

C: Defensin-5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
7.81 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	20.550, 51.703, 50.676
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	Defensin-5 / ディフェンシン / HD5(63-94) 分子量: 3678.398 Da / 分子数: 4 / 変異: T7R, E21R / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01523
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.36 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 0.5M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月31日
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→36.08 Å / Num. all: 16958 / Num. obs: 15346 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 28.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.8 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZMP

1zmp

解像度: 1.5→36.077 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.978 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22131	766	5 %	RANDOM
R_work	0.18205	-	-	-
obs	0.1841	14565	90.46 %	-
all	-	16081	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.384 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0.1 Å²
2-	-	1 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.077 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1000	0	47	75	1122

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.07	2.012	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.871	3	2349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.541	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.691	13.404	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.945	15	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.413	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.197	2.062	522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.191	2.06	521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.221	3.084	650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.002	2.527	569
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	66	-
R_work	0.194	1060	-
obs	-	-	91.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.397	-0.054	0.133	0.1631	-0.1382	0.4221	-0.0148	-0.02	0.0252	-0.0226	-0.0187	0.0158	0.0287	0.0045	0.0335	0.0066	0.0005	-0.0026	0.0177	-0.0031	0.0097	-5.1593	9.215	-1.8898
2	0.5442	-0.1772	-0.0773	0.2061	-0.2438	0.5477	-0.0105	0.0304	-0.0334	0.0187	-0.0019	0.0218	-0.0153	-0.0041	0.0124	0.0069	0.0007	0.0048	0.009	0	0.0168	4.5327	11.6683	15.8996
3	0.249	0.2334	-0.0739	0.5136	0.4379	0.8952	0.0198	-0.0094	-0.0269	0.0123	-0.0002	-0.0452	-0.0083	0.0101	-0.0196	0.0083	0.001	-0.0038	0.0036	0.0015	0.014	-3.9304	13.4824	25.4542
4	0.1923	-0.1399	-0.0425	0.6495	0.3696	0.629	0.0001	-0.019	0.0038	-0.0028	0.0178	-0.0376	0.016	-0.0193	-0.0179	0.008	0.0012	-0.0027	0.0045	-0.0007	0.0104	-13.7621	6.4117	-10.9914

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 32

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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