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- PDB-4ph7: Structure of Osh6p in complex with phosphatidylinositol 4-phosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ph7
タイトルStructure of Osh6p in complex with phosphatidylinositol 4-phosphate
要素Oxysterol-binding protein homolog 6
キーワードLIPID TRANSPORT / Transport Protein (運搬体タンパク質) / Osh proteins Phosphatidylinositol Phosphate Lipid transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of bile acids and bile salts / Acyl chain remodelling of PS / sterol transfer activity / : / sterol transport / sterol homeostasis / phospholipid transporter activity / sterol binding / cortical endoplasmic reticulum / phosphatidylinositol-5-phosphate binding ...Synthesis of bile acids and bile salts / Acyl chain remodelling of PS / sterol transfer activity / : / sterol transport / sterol homeostasis / phospholipid transporter activity / sterol binding / cortical endoplasmic reticulum / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / sterol metabolic process / maintenance of cell polarity / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidic acid binding / phospholipid transport / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / phosphatidylserine binding / エキソサイトーシス / エンドサイトーシス / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2Y5 / Oxysterol-binding protein homolog 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Delfosse, V. / Moser von Filseck, J. / Antonny, B. / Bourguet, W. / Drin, G.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research Agency2010-1503-01 フランス
ERC programAdvanced Grant 268888
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: INTRACELLULAR TRANSPORT. Phosphatidylserine transport by ORP/Osh proteins is driven by phosphatidylinositol 4-phosphate.
著者: Moser von Filseck, J. / Copic, A. / Delfosse, V. / Vanni, S. / Jackson, C.L. / Bourguet, W. / Drin, G.
履歴
登録2014年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12017年12月27日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 2.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxysterol-binding protein homolog 6
B: Oxysterol-binding protein homolog 6
C: Oxysterol-binding protein homolog 6
D: Oxysterol-binding protein homolog 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,1058
ポリマ－207,2364
非ポリマー3,8684
水9,782543
1
A: Oxysterol-binding protein homolog 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7762
ポリマ－51,8091
非ポリマー9671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oxysterol-binding protein homolog 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7762
ポリマ－51,8091
非ポリマー9671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Oxysterol-binding protein homolog 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7762
ポリマ－51,8091
非ポリマー9671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Oxysterol-binding protein homolog 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7762
ポリマ－51,8091
非ポリマー9671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.110, 122.260, 141.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Oxysterol-binding protein homolog 6


分子量: 51809.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OSH6, YKR003W, YK102 / プラスミド: pGEX-4T-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02201
#2: 化合物
ChemComp-2Y5 / (2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate / Phosphatidylinositol-4-phosphate / PI4P


分子量: 967.108 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H84O16P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 % / 解説: Needles Urchins
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 200 mM Ammonium Acetate, 100 mM BisTris, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97298 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97298 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→48.56 Å / Num. obs: 77182 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 15.65
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.95 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXphenix.mr位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B2Z

4b2z


解像度: 2.55→48.562 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 23.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2375 3257 5 %Random
Rwork0.188 ---
obs0.1905 65141 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.562 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12690 0 260 543 13493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72718029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0135185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361946
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042323
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.58810.36961420.31012679X-RAY DIFFRACTION100
2.5881-2.62850.39651370.26522624X-RAY DIFFRACTION100
2.6285-2.67160.27641410.24472693X-RAY DIFFRACTION100
2.6716-2.71770.29411400.23962652X-RAY DIFFRACTION100
2.7177-2.76710.33641390.23272642X-RAY DIFFRACTION100
2.7671-2.82030.30731390.23062634X-RAY DIFFRACTION100
2.8203-2.87790.28341410.23052694X-RAY DIFFRACTION100
2.8779-2.94040.29141410.23622664X-RAY DIFFRACTION100
2.9404-3.00880.31111400.23272658X-RAY DIFFRACTION100
3.0088-3.08410.28071410.23042683X-RAY DIFFRACTION100
3.0841-3.16740.28651400.21842665X-RAY DIFFRACTION100
3.1674-3.26060.28181390.21152648X-RAY DIFFRACTION100
3.2606-3.36580.25751430.20682706X-RAY DIFFRACTION100
3.3658-3.48610.26071400.18932672X-RAY DIFFRACTION100
3.4861-3.62560.2311410.1822674X-RAY DIFFRACTION100
3.6256-3.79060.20141420.1722687X-RAY DIFFRACTION100
3.7906-3.99030.18921410.16052679X-RAY DIFFRACTION100
3.9903-4.24020.18871420.1522708X-RAY DIFFRACTION100
4.2402-4.56740.19391440.14752727X-RAY DIFFRACTION100
4.5674-5.02660.18231410.14442688X-RAY DIFFRACTION100
5.0266-5.7530.20271450.16992753X-RAY DIFFRACTION100
5.753-7.24430.20521460.17852771X-RAY DIFFRACTION100
7.2443-48.57040.20541520.15822883X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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