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- PDB-4n5f: Crystal Structure of a Putative acyl-CoA dehydrogenase with bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n5f
タイトルCrystal Structure of a Putative acyl-CoA dehydrogenase with bound FADH2 from Burkholderia cenocepacia J2315
要素Putative acyl-CoA dehydrogenaseアシルCoAデヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / acyl-CoA dehydrogenase (アシルCoAデヒドロゲナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる / acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain ...Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Βバレル / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Putative acyl-CoA dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of a Putative acyl-CoA dehydrogenase with bound FADH2 from Burkholderia cenocepacia J2315
著者: Dranow, D.M. / Fairman, J.W. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2013年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acyl-CoA dehydrogenase
B: Putative acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,95625
ポリマ－83,3812
非ポリマー1,57523
水2,630146
1
A: Putative acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Putative acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,95626
ポリマ－83,3812
非ポリマー1,57524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area6860 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area26300 Å2
手法PISA
2
B: Putative acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Putative acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,95624
ポリマ－83,3812
非ポリマー1,57522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area26920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.470, 97.470, 168.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-538-

HOH

詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Putative acyl-CoA dehydrogenase / アシルCoAデヒドロゲナーゼ


分子量: 41690.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: J2315 / 遺伝子: BCAM2196, BceJ2315_56330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B4EGC8, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる
#2: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 21 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: JCSG+(d10): 40% PEG-300, 100mM Sodium Cacodylate/HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月1日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 42127 / Num. obs: 41958 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.05 % / Biso Wilson estimate: 47.203 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 19.57
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.2-2.260.5623.6825067305899.6
2.26-2.320.4324.8624798298599.7
2.32-2.390.3695.6623573287399.8
2.39-2.460.3126.5523223280599.9
2.46-2.540.2448.2922535273599.8
2.54-2.630.1981021916266999.9
2.63-2.730.16111.9620913255899.9
2.73-2.840.13114.5320222246299.9
2.84-2.970.11716.2619640239599.9
2.97-3.110.0822.0218307224799.8
3.11-3.280.0725.2817717218199.8
3.28-3.480.05829.9316673206499.8
3.48-3.720.04934.0715510193099.6
3.72-4.020.04238.6814262180199.8
4.02-4.40.0440.6913144167399.5
4.4-4.920.03742.9911990154899.7
4.92-5.680.03741.5410477135299.6
5.68-6.960.03341.748997118399.7
6.96-9.840.02945.25684292698.6
9.840.02843.3336951391.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.78 Å48.76 Å
Translation4.78 Å48.76 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1JQI

1jqi


解像度: 2.2→19.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2278 / WRfactor Rwork: 0.1841 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8669 / SU B: 9.592 / SU ML: 0.124 / SU R Cruickshank DPI: 0.2369 / SU Rfree: 0.1905 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2237 2111 5 %RANDOM
Rwork0.1809 ---
all0.183 44010 --
obs0.183 41899 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.22 Å2 / Biso mean: 49.714 Å2 / Biso min: 13.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å2-0 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5457 0 127 146 5730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195681
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.9757735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83312034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6795745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.48424.008237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.08215837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7511538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6262.7092988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.622.7082987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4294.053731
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 147 -
Rwork0.202 2846 -
all-2993 -
obs--99.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9739-0.09760.38720.9252-0.38971.5232-0.09930.12580.0837-0.1129-0.00170.08690.1074-0.42720.10090.0488-0.0873-0.02220.3412-0.07570.1177-9.879620.0515-14.2714
20.4696-0.0467-0.03160.9547-0.31060.9404-0.11620.01820.07360.1128-0.0751-0.0159-0.0184-0.19380.19130.141-0.0656-0.02980.1929-0.04330.18277.20922.49692.2371
32.0292-0.0808-1.35871.1858-0.03542.77960.1709-0.22310.34830.1864-0.1077-0.2024-0.82490.223-0.06320.4585-0.1177-0.14020.0667-0.02570.341524.672154.284614.4766
40.76-0.0681-0.22580.793-0.18170.9723-0.06660.08440.1960.0314-0.0967-0.1495-0.1719-0.05050.16330.1637-0.0618-0.07860.10450.02390.252421.620437.1845-1.7092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 246
2X-RAY DIFFRACTION2A247 - 377
3X-RAY DIFFRACTION3B9 - 246
4X-RAY DIFFRACTION4B247 - 377

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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