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- PDB-4j7y: Human LTC4 synthase in complex with product analogs - implication... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j7y
タイトルHuman LTC4 synthase in complex with product analogs - implications for enzyme catalysis
要素Leukotriene C4 synthase
キーワードLYASE (リアーゼ) / Leukotriene C4 synthase / product analogs / lipid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Synthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukotriene biosynthetic process ...Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Synthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukotriene biosynthetic process / glutathione peroxidase activity / nuclear outer membrane / long-chain fatty acid biosynthetic process / glutathione transferase activity / enzyme activator activity / 核膜 / 核膜 / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
5-lipoxygenase-activating protein / FLAP/GST2/LTC4S, conserved site / FLAP/GST2/LTC4S family signature. / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1JP / NICKEL (II) ION / Leukotriene C4 synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Niegowski, D. / Rinaldo-Matthis, A. / Haeggstrom, J.Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Leukotriene C4 Synthase in Complex with Product Analogs: IMPLICATIONS FOR THE ENZYME MECHANISM.
著者: Niegowski, D. / Kleinschmidt, T. / Olsson, U. / Ahmad, S. / Rinaldo-Matthis, A. / Haeggstrom, J.Z.
履歴
登録2013年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22014年3月12日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0204
ポリマ－17,4121
非ポリマー6083
水0
1
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子

A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,05912
ポリマ－52,2353
非ポリマー1,8259
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation24_544-y,-z-1/2,x-1/21
crystal symmetry operation30_554z+1/2,-x,-y-1/21
Buried area7560 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
2
A: Leukotriene C4 synthase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,23848
ポリマ－208,93912
非ポリマー7,29936
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-11
crystal symmetry operation4_554x,-y,-z-11
crystal symmetry operation21_554y,z+1/2,x-1/21
crystal symmetry operation22_554-y,z+1/2,-x-1/21
crystal symmetry operation23_544y,-z-1/2,-x-1/21
crystal symmetry operation24_544-y,-z-1/2,x-1/21
crystal symmetry operation29_554z+1/2,x,y-1/21
crystal symmetry operation30_554z+1/2,-x,-y-1/21
crystal symmetry operation31_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation32_454-z-1/2,x,-y-1/21
Buried area35840 Å2
ΔGint-497 kcal/mol
Surface area77530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.275, 169.275, 169.275
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

NI

21A-202-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Leukotriene C4 synthase / / LTC4 synthase / Leukotriene-C(4) synthase


分子量: 17411.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTC4S / 発現宿主: Pichia Pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q16873, leukotriene-C4 synthase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-1JP / D-gamma-glutamyl-(Z)-N-(carboxymethylidene)-S-[(2R)-2-hydroxy-4-phenylbutyl]-L-cysteinamide


分子量: 453.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27N3O7S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 1.8 M NH4SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na-cacadylate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.901→32.653 Å / Num. all: 9030 / Num. obs: 9030 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 15.6 % / Rsym value: 0.292 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.9-3.0615.70.0610.16.1341100
3.06-3.2415.90.0610.23.4771100
3.24-3.4715.80.0610.41.9611100
3.47-3.7415.80.0610.90.8811100
3.74-4.115.80.0611.90.3981100
4.1-4.5915.70.06140.1761100
4.59-5.2915.50.0614.40.1581100
5.29-6.4815.50.0613.80.1891100
6.48-9.1714.80.0614.30.121100
9.17-34.553140.06150.108197.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.42 Å29.92 Å
Translation6.42 Å29.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UUI

2uui


解像度: 2.901→29.924 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 439 4.87 %
Rwork0.2495 --
obs0.2502 9020 99.88 %
all-9020 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.4109 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.901→29.924 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1156 0 37 0 1193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.643426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9013-3.32070.38681550.34842830X-RAY DIFFRACTION100
3.3207-4.18190.27871280.27892846X-RAY DIFFRACTION100
4.1819-29.92550.2331560.22152905X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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