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- PDB-4i0k: Crystal structure of murine B7-H3 extracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i0k
タイトルCrystal structure of murine B7-H3 extracellular domain
要素CD276 antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN (免疫グロブリンフォールド) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / IMMUNITY / ADAPTIVE IMMUNITY (獲得免疫系) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Protein Structure Initiative / immunoglobulin variable like domain / immunoglobulin constant like domain / cell surface (細胞膜) / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of type II interferon production / regulation of immune response / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / regulation of cytokine production / T細胞 / positive regulation of interleukin-2 production ...negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of type II interferon production / regulation of immune response / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / regulation of cytokine production / T細胞 / positive regulation of interleukin-2 production / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / membrane => GO:0016020 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Vigdorovich, V. / Ramagopal, U. / Bonanno, J.B. / Toro, R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure and T cell inhibition properties of B7 family member, B7-H3.
著者: Vigdorovich, V. / Ramagopal, U.A. / Lazar-Molnar, E. / Sylvestre, E. / Lee, J.S. / Hofmeyer, K.A. / Zang, X. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD276 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4275
ポリマ－24,2651
非ポリマー1,1624
水905
1
A: CD276 antigen
ヘテロ分子

A: CD276 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,85410
ポリマ－48,5302
非ポリマー2,3248
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area7580 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.920, 100.920, 188.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, -x+y, -z-1/3

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要素

#1: 抗体 CD276 antigen / B7 homolog 3 / B7-H3 / Costimulatory molecule


分子量: 24264.998 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B7-H3, B7h3, Cd276 / プラスミド: pMT-BiP-His
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider 2 cell line / 参照: UniProt: Q8VE98
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5; 20% PEG-10000, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A10.9789
2
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2009年11月19日
2
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.833→87.399 Å / Num. obs: 12250 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.97-3.1313.70.810.81,2100
3.13-3.3213.60.4421.70.4421,2100
3.32-3.5513.40.2772.70.2771,2100
3.55-3.8313.30.1814.20.1811,299.9
3.83-4.213.30.1116.60.1111,299.8
4.2-4.712.70.0867.80.0861,299.7
4.7-5.4211.90.0857.40.0851,299.6
5.42-6.6412.30.079.40.071,299.4
6.64-9.3913.20.04612.50.0461,299.2
9.39-48.73811.40.04114.90.0411,297.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
MOSFLMデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BIS

3bis


解像度: 2.97→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.178 / SU ML: 0.211 / SU R Cruickshank DPI: 0.366 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24974 589 4.8 %RANDOM
Rwork0.21548 ---
obs0.21712 11661 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.265 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.02 Å2-0 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1513 0 74 5 1592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191638
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7422.0032246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8413.0023415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.355201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.73624.49369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.03415237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.567159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02362
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.97→3.046 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 46 -
Rwork0.289 817 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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