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Yorodumi- PDB-2pft: The Crystal Structure of Mouse Exo70 Reveals Unique Features of t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2pft | ||||||
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Title | The Crystal Structure of Mouse Exo70 Reveals Unique Features of the Mammalian Exocyst | ||||||
Components | Exocytosis Protein | ||||||
Keywords | ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / helix-turn-helix / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information Insulin processing / VxPx cargo-targeting to cilium / regulation of entry of bacterium into host cell / exocyst / growth cone membrane / Flemming body / microtubule organizing center / exocytosis / centriolar satellite / protein transport ...Insulin processing / VxPx cargo-targeting to cilium / regulation of entry of bacterium into host cell / exocyst / growth cone membrane / Flemming body / microtubule organizing center / exocytosis / centriolar satellite / protein transport / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Moore, B.A. / Xu, Z. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2007 Title: The crystal structure of mouse Exo70 reveals unique features of the mammalian exocyst. Authors: Moore, B.A. / Robinson, H.H. / Xu, Z. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2pft.cif.gz | 122.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2pft.ent.gz | 90.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2pft.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/2pft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/2pft | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 65555.477 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Residues 85-653 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Exoc7 / Plasmid: pSJ7 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q3TIP4, UniProt: O35250*PLUS |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Precipitant in drop: 10% ethylene glycol, 5% PEG 8000, 0.01M magnesium chloride, 0.1M HEPES Precipitant in well: 10% ethylene glycol, 8% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, ...Details: Precipitant in drop: 10% ethylene glycol, 5% PEG 8000, 0.01M magnesium chloride, 0.1M HEPES Precipitant in well: 10% ethylene glycol, 8% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 0.97926,0.97942,0.95660 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 19, 2006 / Details: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) Double Crystal / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.25→46.84 Å / Num. all: 31423 / Num. obs: 30334 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 40.4 Å2 / Limit h max: 24 / Limit h min: 0 / Limit k max: 24 / Limit k min: 0 / Limit l max: 133 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 127192.55 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.26 / Net I/σ(I): 15.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.33 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Num. unique all: 2448 / Χ2: 1.093 / % possible all: 77.7 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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