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- PDB-4hl1: Crystal Structure of New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1, Complexe... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hl1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1, Complexed with Cd and Ampicillin | ||||||
![]() | Beta-lactamase NDM-1 | ||||||
![]() | Hydrolase/Antibiotic / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() antibiotic catabolic process / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, J. / Mire, J. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1, Complexed with Cd and Ampicillin Authors: Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, J. / Mire, J. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 224.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 179.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3q6x S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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Unit cell |
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Details | Two monomers in the asymmetric unit |
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Components
#1: Protein | Mass: 25717.914 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CD / #4: Chemical | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.64 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: B11: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-TrisHCl pH 6.5, 25 %(w/v) PEG 3350, 5 mM CdCl2, 100mM ampicillin, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 9, 2011 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 123712 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 9.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3509 / Rsym value: 0.782 / % possible all: 93.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB Entry 3q6X ![]() 3q6x Resolution: 1.5→34.942 Å / SU ML: 0.1 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 14.25 / Stereochemistry target values: ML Details: BOTH F+ AND F- REFLECTIONS ARE USED TO BETTER REFINE CD IONS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→34.942 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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