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Yorodumi- PDB-4gyu: Crystal Structure of New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1 A121F mut... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gyu | ||||||
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Title | Crystal Structure of New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1 A121F mutant from Klebsiella pneumoniae | ||||||
Components | Beta-lactamase NDM-1 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Protein Structure Initiative / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / alpha-beta-beta-alpha fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.803 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, J. / Binkowski, T.A. / Mire, J. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI) | ||||||
Citation | Journal: To be Published / Year: 2012 Title: Crystal Structure of New Delhi Metallo-beta-Lactamase-1 A121F mutant from Klebsiella pneumoniae Authors: Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, J. / Binkowski, T.A. / Mire, J. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gyu.cif.gz | 109.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gyu.ent.gz | 82.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gyu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/4gyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/4gyu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3q6x S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 25794.012 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: A121F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) / Gene: blaNDM-1 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic / References: UniProt: C7C422, beta-lactamase |
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-Non-polymers , 5 types, 136 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-P6G / | #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.1 M Imidazole:HCl pH 8.0 1.0 M Sodium Citrate Tribasic, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 30, 2011 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. all: 22017 / Num. obs: 22017 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 14.11 Å2 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Redundancy: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 769 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 65.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3Q6X 3q6x Resolution: 1.803→43.939 Å / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 17.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.927 Å2 / ksol: 0.438 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.6 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.803→43.939 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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