PDB-3rkj: Crystal Structure of New Delhi Metallo-Beta-Lactamase-1 from Kleb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rkj

タイトル

Crystal Structure of New Delhi Metallo-Beta-Lactamase-1 from Klebsiella pnueumoniae

要素

Beta-lactamase NDM-1

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta structure / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors /

MTBI (脳震盪)

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process /

beta-lactamase activity /

Β-ラクタマーゼ /

ペリプラズム / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Binkowski, T.A. / Babnigg, G. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structure of Apo- and Monometalated Forms of NDM-1 A Highly Potent Carbapenem-Hydrolyzing Metallo-beta-Lactamase
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Mire, J. / Jedrzejczak, R. / Binkowski, A. / Babnigg, G. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2011年9月28日	Group: Experimental preparation
改定 1.4	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.5	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rkj.cif.gz	188.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rkj.ent.gz	150.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rkj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3rkkC 3sblC 3sfpC 2yz3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rzr-2 6h1z-1 1m2x-2 2iue-d 2znb-2 1ioa-1 4pie-d 5tki-1 1ia3-1 3rkk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC105101

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase NDM-1

B: Beta-lactamase NDM-1

ヘテロ分子

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase NDM-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase NDM-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.712, 51.113, 70.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase NDM-1 / NDM-1 / Metallo-beta-lactamase NDM-1 分子量: 24822.877 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 39-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: C7C422, Β-ラクタマーゼ
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.81 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.17 M Ammonium sulfate 25.5 % (w/v) PEG 4000, 15 % (v/v) Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 26835 / Num. obs: 26835 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 25.89 Å² / R_merge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1377 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 2YZ3

2yz3

解像度: 2→38.449 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	1335	5.06 %	random
R_work	0.192	-	-	-
all	0.195	26368	-	-
obs	0.195	26368	94.84 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.16 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.5039 Å²	0 Å²	-4.5654 Å²
2-	-	-0.1148 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.3891 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.449 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3360	0	31	262	3653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3573
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.235	4880
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.518	1238
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	647

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2-2.0715	0.2787	178	0.2053	2505	2683	96
2.0715-2.1544	0.2921	121	0.2024	2510	2631	97
2.1544-2.2525	0.3026	122	0.1969	2542	2664	96
2.2525-2.3712	0.3018	140	0.2042	2517	2657	96
2.3712-2.5197	0.2966	119	0.1908	2547	2666	96
2.5197-2.7142	0.2236	124	0.1973	2526	2650	96
2.7142-2.9873	0.2694	139	0.2	2500	2639	95
2.9873-3.4193	0.2445	134	0.1801	2483	2617	94
3.4193-4.3071	0.1893	126	0.1737	2438	2564	92
4.3071-38.4564	0.2245	132	0.1995	2465	2597	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.468	-0.3713	0.3714	0.3245	-0.2237	0.8403	-0.1222	0.0336	0.1311	-0.0362	-0.1643	-0.2382	-0.0515	-0.0015	0.1383	0.1454	0.0387	-0.0134	0.1408	-0.0009	0.1803	-34.5084	12.6186	31.0748
2	0.8711	0.2235	-0.0142	0.855	0.1892	0.0457	-0.1374	0.282	0.0383	-0.1925	0.0337	0.0958	-0.0328	0.0039	0.0339	0.1448	-0.0138	-0.0215	-0.0335	0.0934	0.0393	-34.0903	9.2165	18.9872
3	0.4378	0.1899	-0.3525	0.9716	0.0333	0.3404	0.0048	0.0474	0.0053	0.2054	-0.0449	0.0871	-0.0705	0.1691	-0.008	0.1032	-0.0056	0.0153	0.1202	0.0043	0.0695	-28.4664	4.4181	30.2467
4	0.6639	-0.3404	-0.0103	0.6362	-0.3886	0.5437	0.0162	0.0159	0.0652	-0.0936	0.0229	-0.0425	0.1203	-0.1666	-0.0093	0.0915	-0.0092	-0.0033	0.101	-0.0027	0.1024	-24.266	8.8409	27.3948
5	0.6502	-0.1762	0.2269	0.5993	-0.1433	0.8252	0.1612	-0.1226	-0.4583	-0.2	0.1525	0.1538	0.1288	0.167	-0.0562	0.0436	0.1169	0.1121	-0.2772	-0.3496	-0.1609	-17.34	-4.4598	21.1894
6	0.5118	0.0118	-0.3073	0.3814	0.0952	0.4165	-0.2247	-0.0478	0.2285	0.0049	-0.0646	-0.0386	0.0402	0.0998	0.0936	0.0039	0.0262	-0.0198	0.1471	-0.0415	0.1198	-23.814	-10.171	27.4742
7	0.807	0.043	-0.2159	0.3518	0.3348	0.5493	-0.1211	-0.1344	-0.0247	0.1148	-0.0704	0.1335	0.0818	-0.0321	0.0783	0.1308	-0.0429	0.0393	0.11	-0.0206	0.1341	-34.5165	-6.1632	27.2293
8	1.0063	0.1138	-0.2255	0.0386	-0.1912	0.9432	-0.3032	0.2193	-0.0247	-0.0148	-0.0325	-0.0649	-0.1506	-0.2379	0.1015	0.1939	0.0246	-0.0091	0.2447	-0.0265	0.1969	-35.4821	-11.141	12.0106
9	0.4893	0.1312	-0.002	0.6205	-0.1492	0.2909	-0.1654	0.0457	-0.0233	-0.1206	0.0848	0.1588	0.0665	0.076	0.0377	0.1031	-0.0188	0.008	0.0815	-0.002	0.0715	-37.8182	-9.2851	25.3755
10	0.5597	-0.3468	-0.6833	0.9928	1.1179	2.2799	-0.0555	0.3077	-0.1773	-0.2145	0.0399	0.029	-0.2324	-0.3426	0.0462	0.1344	-0.0455	-0.0135	0.1935	-0.0329	0.1184	-41.5512	-15.1906	16.926
11	0.3475	-0.1649	0.1981	0.1875	0.1096	0.4528	0.1817	0.0411	0.1058	-0.0242	-0.2687	-0.2012	0.2233	0.0065	0.0436	0.1896	0.0211	0.0435	-0.2955	-0.041	0.2125	-2.5788	13.9588	4.6297
12	0.3433	0.1045	-0.2751	0.5072	-0.146	0.3281	0.0758	0.0746	-0.0862	-0.0955	-0.036	-0.1892	-0.0866	-0.1152	-0.0138	0.0743	-0.0045	-0.0312	0.0379	-0.0442	0.0708	-10.0269	17.9245	7.138
13	0.3469	0.2447	0.014	0.268	0.3072	0.5539	-0.0935	0.0135	-0.0054	-0.035	0.0311	0.0079	0.0938	-0.0455	0.0488	0.1098	0.0153	0.018	0.0909	0.0095	0.1392	-8.8646	15.4575	14.7601
14	0.9992	-0.3601	0.0009	0.7788	-0.1123	0.5028	-0.0847	-0.3366	-0.3438	-0.0934	0.0244	0.3056	-0.2173	0.0568	0.0431	-0.0093	0.094	-0.0261	0.0686	0.0194	0.1044	-16.4162	28.6414	20.3031
15	0.2445	0.0758	0.1206	0.6082	0.3168	1.0867	-0.0238	-0.0263	-0.0491	0.1392	0.051	-0.0234	0.1648	-0.2497	0.0112	0.1129	-0.0091	-0.0336	0.1328	-0.0268	0.0992	-9.1787	34.3311	15.0358
16	0.6701	-0.3291	-0.2061	0.7685	0.19	0.3415	0.118	0.092	0.0009	-0.1256	-0.0927	-0.1047	-0.0045	-0.0392	-0.0356	0.1346	0.0257	0.0256	0.1162	-0.0046	0.119	-6.9093	30.4957	2.4998
17	0.3327	0.0992	0.0474	0.5547	0.1557	0.5272	-0.0082	-0.0132	0.1305	-0.0525	-0.0688	0.1344	-0.0185	-0.1197	0.05	0.1167	-0.0442	-0.0167	0.1457	-0.0309	0.1041	-19.2925	37.817	2.9433
18	0.7408	0.1822	0.0704	0.5231	0.2658	0.3664	0.233	0.0695	-0.0042	-0.1498	0.1402	0.0095	0.0231	-0.0253	-0.0768	0.1593	-0.0059	-0.0186	0.1044	0.0169	0.0919	-6.5755	29.662	-0.2397
19	5.0851	-1.0906	0.0284	0.7651	-0.1587	0.3168	-0.2571	0.3689	0.0599	0.1348	0.1503	-0.0237	-0.1579	-0.0797	0.1029	0.1272	0.0272	0.0338	0.1119	0.0226	0.0772	-16.5003	39.6184	-4.0962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 45:57)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 58:73)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 74:94)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 95:137)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 138:166)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 167:194)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 195:212)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 213:228)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 229:255)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 256:270)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 45:57)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 58:94)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 95:137)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 138:166)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 167:194)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 195:215)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 216:239)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 240:255)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resseq 256:270)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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