PDB-4ha5: Structure of BACE Bound to (S)-3-(5-(2-imino-1,4-dimethyl-6-oxohe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ha5

タイトル

Structure of BACE Bound to (S)-3-(5-(2-imino-1,4-dimethyl-6-oxohexahydropyrimidin-4-yl)thiophen-3-yl)benzonitrile

要素

Beta-secretase 1

Β-セクレターゼ1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR /

BACE1 (Β-セクレターゼ1) /

Alzheimers (アルツハイマー病) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing /

beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation /

membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion /

prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Strickland, C. / Mandal, M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Design and Validation of Bicyclic Iminopyrimidinones As Beta Amyloid Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors: Conformational Constraint to Favor a Bioactive Conformation.
著者: Mandal, M. / Zhu, Z. / Cumming, J.N. / Liu, X. / Strickland, C. / Mazzola, R.D. / Caldwell, J.P. / Leach, P. / Grzelak, M. / Hyde, L. / Zhang, Q. / Terracina, G. / Zhang, L. / Chen, X. / ...

履歴

登録	2012年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月21日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ha5.cif.gz	182.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ha5.ent.gz	148.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ha5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/4ha5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/4ha5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4h1eC 4h3fC 4h3gC 4h3iC 4h3jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4djw-1 4trw-3 7dcz-d 6fgy-d 3l59-1 4djy-1 1w50-d 4h3j-1 4fs4-3 3lpj-2 4djv-1 3l5c-1 3l5c-2 4h3f-1 4zsp-1 4zsm-1 4fsl-2 4h3f-2 4dju-1 4zsq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

93.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.442, 89.616, 131.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Β-セクレターゼ1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 46249.926 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 41-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE, BACE1, KIAA1149 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-13W / 3-{5-[(2E,4S)-2-imino-1,4-dimethyl-6-oxohexahydropyrimidin-4-yl]thiophen-3-yl}benzonitrile / SCH-785532 分子量: 324.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₆N₄OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 912 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.83→20 Å / Num. all: 90350 / Num. obs: 88830 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Χ²: 1.001 / Net I/σ(I): 11.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.83-1.86	4.8	0.48	4292	0.997	1	96.4
1.86-1.9	4.8	0.425	4290	1.011	1	96.4
1.9-1.93	4.8	0.358	4306	1.002	1	96.6
1.93-1.97	4.9	0.291	4347	1.004	1	97
1.97-2.01	4.8	0.244	4344	1.004	1	97.1
2.01-2.06	4.8	0.207	4358	1.002	1	97.5
2.06-2.11	4.8	0.185	4369	1	1	97.5
2.11-2.17	4.9	0.164	4366	1.001	1	98
2.17-2.23	4.9	0.14	4419	1.001	1	98.1
2.23-2.31	4.9	0.13	4421	1	1	98.3
2.31-2.39	4.9	0.112	4412	1.001	1	98.6
2.39-2.48	4.9	0.102	4447	1.002	1	98.9
2.48-2.6	4.9	0.088	4464	1.001	1	99.2
2.6-2.73	4.9	0.074	4481	1	1	99.2
2.73-2.9	4.9	0.061	4504	1.001	1	99.5
2.9-3.13	4.9	0.05	4519	1.001	1	99.6
3.13-3.44	4.9	0.039	4548	1.001	1	99.9
3.44-3.93	4.9	0.032	4578	0.999	1	100
3.93-4.94	4.8	0.026	4614	1.001	1	99.8
4.94-20	4.7	0.026	4751	0.999	1	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
DENZO		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.83→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8329 / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	4452	4.9 %
R_work	0.189	-	-
all	-	90350	-
obs	-	88753	98.2 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.76 Å² / B_iso mean: 24.8049 Å² / B_iso min: 9.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.804 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.292 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.488 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6092	0	76	912	7080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.474

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.83-1.84	0.3364	85	0.2966	1607	1692
1.84-1.86	0.2973	71	0.2699	1655	1726
1.86-1.87	0.2906	65	0.2714	1680	1745
1.87-1.88	0.2905	89	0.2588	1607	1696
1.88-1.9	0.2436	91	0.2531	1640	1731
1.9-1.91	0.2647	98	0.248	1646	1744
1.91-1.92	0.2689	89	0.2369	1632	1721
1.92-1.94	0.2641	90	0.2379	1637	1727
1.94-1.96	0.2654	98	0.2264	1621	1719
1.96-1.97	0.2954	86	0.2103	1649	1735
1.97-1.99	0.2281	98	0.2158	1656	1754
1.99-2.01	0.2405	79	0.2022	1652	1731
2.01-2.02	0.233	88	0.2056	1626	1714
2.02-2.04	0.2089	85	0.1894	1692	1777
2.04-2.06	0.1996	82	0.1859	1640	1722
2.06-2.08	0.2541	85	0.2063	1659	1744
2.08-2.1	0.2052	99	0.1897	1649	1748
2.1-2.12	0.2443	87	0.1968	1673	1760
2.12-2.15	0.2297	101	0.1882	1665	1766
2.15-2.17	0.2089	95	0.1871	1644	1739
2.17-2.19	0.2434	104	0.1946	1649	1753
2.19-2.22	0.2181	95	0.1825	1672	1767
2.22-2.25	0.2409	77	0.1946	1684	1761
2.25-2.28	0.2415	93	0.1965	1675	1768
2.28-2.31	0.2341	64	0.185	1722	1786
2.31-2.34	0.237	118	0.1888	1643	1761
2.34-2.37	0.2427	85	0.1847	1684	1769
2.37-2.41	0.2242	77	0.1844	1712	1789
2.41-2.44	0.2352	77	0.1952	1687	1764
2.44-2.48	0.1824	84	0.1662	1699	1783
2.48-2.53	0.2342	91	0.1867	1684	1775
2.53-2.57	0.2287	77	0.1853	1701	1778
2.57-2.62	0.2419	91	0.1882	1713	1804
2.62-2.68	0.2253	78	0.1851	1696	1774
2.68-2.73	0.2247	89	0.1834	1725	1814
2.73-2.8	0.2377	88	0.1851	1711	1799
2.8-2.87	0.2045	76	0.1864	1719	1795
2.87-2.94	0.2039	74	0.1902	1723	1797
2.94-3.03	0.1912	93	0.1951	1707	1800
3.03-3.13	0.2173	101	0.1991	1727	1828
3.13-3.24	0.2089	100	0.2019	1691	1791
3.24-3.37	0.212	88	0.1878	1743	1831
3.37-3.52	0.197	91	0.1872	1731	1822
3.52-3.71	0.2002	105	0.1763	1728	1833
3.71-3.94	0.1845	80	0.1548	1760	1840
3.94-4.25	0.1774	92	0.1463	1750	1842
4.25-4.67	0.1785	94	0.1455	1744	1838
4.67-5.35	0.1769	98	0.163	1763	1861
5.35-6.74	0.2259	110	0.2176	1765	1875
6.74-500.01	0.2493	101	0.2092	1763	1864

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	MSI_CNX_TOPPAR:protein_rep.param	MSI_CNX_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	MSI_CNX_TOPPAR:water_rep.param	MSI_CNX_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	MSI_CNX_TOPPAR:ion.param	MSI_CNX_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION	4	paratartrate.pro	toptartrate.pro

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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