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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dcz | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of BACE1 in complex with N-{3-[(4S)-2-amino-4-methyl-4H-1,3-thiazin-4-yl]-4- fluorophenyl}-5-cyanopyridine-2-carboxamide | ||||||
要素 | Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / BACE1 (Β-セクレターゼ1) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 小胞体 / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Koriyama, Y. / Hori, A. / Ito, H. / Yonezawa, S. / Baba, Y. / Tanimoto, N. / Ueno, T. / Yamamoto, S. / Yamamoto, T. / Asada, N. ...Koriyama, Y. / Hori, A. / Ito, H. / Yonezawa, S. / Baba, Y. / Tanimoto, N. / Ueno, T. / Yamamoto, S. / Yamamoto, T. / Asada, N. / Morimoto, K. / Einaru, S. / Sakai, K. / Kanazu, T. / Matsuda, A. / Yamaguchi, Y. / Oguma, T. / Timmers, M. / Tritsmans, L. / Kusakabe, K.I. / Kato, A. / Sakaguchi, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Discovery of Atabecestat (JNJ-54861911): A Thiazine-Based beta-Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Inhibitor Advanced to the Phase 2b/3 EARLY Clinical Trial. 著者: Koriyama, Y. / Hori, A. / Ito, H. / Yonezawa, S. / Baba, Y. / Tanimoto, N. / Ueno, T. / Yamamoto, S. / Yamamoto, T. / Asada, N. / Morimoto, K. / Einaru, S. / Sakai, K. / Kanazu, T. / Matsuda, ...著者: Koriyama, Y. / Hori, A. / Ito, H. / Yonezawa, S. / Baba, Y. / Tanimoto, N. / Ueno, T. / Yamamoto, S. / Yamamoto, T. / Asada, N. / Morimoto, K. / Einaru, S. / Sakai, K. / Kanazu, T. / Matsuda, A. / Yamaguchi, Y. / Oguma, T. / Timmers, M. / Tritsmans, L. / Kusakabe, K.I. / Kato, A. / Sakaguchi, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dcz.cif.gz | 168.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dcz.ent.gz | 129.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dcz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/7dcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/7dcz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1w50S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46393.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1 | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-H3C / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.1 M Na3-citrate pH 6.6, 0.2 M NH4I, 30%(w/v) PEG 5000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 22465 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 101918 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1W50 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 14.902 / SU ML: 0.17 / SU R Cruickshank DPI: 0.3113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.21 Å2 / Biso mean: 22.011 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.292 Å / Origin y: 41.1568 Å / Origin z: 0.0744 Å
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