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- PDB-4fxy: Crystal structure of rat neurolysin with bound pyrazolidin inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fxy
タイトルCrystal structure of rat neurolysin with bound pyrazolidin inhibitor
要素Neurolysin, mitochondrialノイロリシン
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase (加水分解酵素) / endopeptidase (エンドペプチダーゼ) / zinc metallopeptidase / neuropeptidase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ノイロリシン / regulation of skeletal muscle fiber differentiation / Peptide ligand-binding receptors / oligopeptidase activity / peptide metabolic process / regulation of gluconeogenesis / peptide catabolic process / peptide binding / protein catabolic process / ミトコンドリア ...ノイロリシン / regulation of skeletal muscle fiber differentiation / Peptide ligand-binding receptors / oligopeptidase activity / peptide metabolic process / regulation of gluconeogenesis / peptide catabolic process / peptide binding / protein catabolic process / ミトコンドリア / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / タンパク質分解 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Neurolysin, domain 3 / Endopeptidase. Chain P; domain 1 / Neurolysin/Thimet oligopeptidase, N-terminal / Neurolysin/Thimet oligopeptidase, domain 2 / Peptidase M3A/M3B catalytic domain / Peptidase M3A/M3B / Peptidase family M3 / Neurolysin; domain 3 / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) ...Neurolysin, domain 3 / Endopeptidase. Chain P; domain 1 / Neurolysin/Thimet oligopeptidase, N-terminal / Neurolysin/Thimet oligopeptidase, domain 2 / Peptidase M3A/M3B catalytic domain / Peptidase M3A/M3B / Peptidase family M3 / Neurolysin; domain 3 / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0W2 / Neurolysin, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rodgers, D.W. / Hines, C.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Allosteric inhibition of the neuropeptidase neurolysin.
著者: Hines, C.S. / Ray, K. / Schmidt, J.J. / Xiong, F. / Feenstra, R.W. / Pras-Raves, M. / de Moes, J.P. / Lange, J.H. / Melikishvili, M. / Fried, M.G. / Mortenson, P. / Charlton, M. / Patel, Y. / ...著者: Hines, C.S. / Ray, K. / Schmidt, J.J. / Xiong, F. / Feenstra, R.W. / Pras-Raves, M. / de Moes, J.P. / Lange, J.H. / Melikishvili, M. / Fried, M.G. / Mortenson, P. / Charlton, M. / Patel, Y. / Courtney, S.M. / Kruse, C.G. / Rodgers, D.W.
履歴
登録2012年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Other
改定 1.22014年11月19日Group: Database references
改定 1.32015年1月14日Group: Database references
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Neurolysin, mitochondrial
Q: Neurolysin, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,9366
ポリマ－158,7552
非ポリマー1,1814
水4,630257
1
P: Neurolysin, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9683
ポリマ－79,3781
非ポリマー5902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
Q: Neurolysin, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9683
ポリマ－79,3781
非ポリマー5902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.000, 131.400, 144.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Neurolysin, mitochondrial / ノイロリシン / Microsomal endopeptidase / MEP / Mitochondrial oligopeptidase M / Neurotensin endopeptidase


分子量: 79377.648 Da / 分子数: 2 / 変異: H160A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nln / プラスミド: pBAD/His C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP 10 / 参照: UniProt: P42676, ノイロリシン
#2: 化合物 ChemComp-0W2 / 1-{(2S)-1-[(3R)-3-(2-chlorophenyl)-2-(2-fluorophenyl)pyrazolidin-1-yl]-1-oxopropan-2-yl}-3-[(1R,3S,5R,7R)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-2-yl]urea


分子量: 525.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H34ClFN4O2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES, pH, 7.0, 0.1 M LiSO4, 2 mM -mercaptoethanol and 12-15% polyethylene glycol 4000., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 43793 / Num. obs: 43760 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.162 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
CNS精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1I1I

1i1i


解像度: 2.8→48.654 Å / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2871 4180 9.98 %
Rwork0.2349 --
obs0.2403 41891 99.57 %
all-41894 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9154 Å2-0 Å20 Å2
2---5.4487 Å2-0 Å2
3---9.3284 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10670 0 76 257 11003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80714698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0384112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041894
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.83180.35081390.29551261X-RAY DIFFRACTION100
2.8318-2.86510.38231190.29941236X-RAY DIFFRACTION99
2.8651-2.90010.38721400.30111235X-RAY DIFFRACTION100
2.9001-2.93680.30671320.29571250X-RAY DIFFRACTION99
2.9368-2.97540.32191440.29861231X-RAY DIFFRACTION100
2.9754-3.01620.40191410.29661234X-RAY DIFFRACTION99
3.0162-3.05920.34231480.30141242X-RAY DIFFRACTION100
3.0592-3.10490.30351270.28421247X-RAY DIFFRACTION100
3.1049-3.15340.37211310.29641252X-RAY DIFFRACTION99
3.1534-3.20510.31671360.27561233X-RAY DIFFRACTION100
3.2051-3.26040.33191430.27981243X-RAY DIFFRACTION100
3.2604-3.31960.3141510.26191210X-RAY DIFFRACTION99
3.3196-3.38350.31251480.26351266X-RAY DIFFRACTION100
3.3835-3.45250.30411390.25421246X-RAY DIFFRACTION100
3.4525-3.52760.32251490.24921236X-RAY DIFFRACTION100
3.5276-3.60960.26241320.22731251X-RAY DIFFRACTION100
3.6096-3.69980.31481300.22661269X-RAY DIFFRACTION100
3.6998-3.79980.25391290.21861247X-RAY DIFFRACTION100
3.7998-3.91160.28541210.21291278X-RAY DIFFRACTION100
3.9116-4.03780.29211390.2091268X-RAY DIFFRACTION100
4.0378-4.1820.23131520.20291238X-RAY DIFFRACTION100
4.182-4.34940.27831450.20321248X-RAY DIFFRACTION100
4.3494-4.54720.2411430.18771274X-RAY DIFFRACTION100
4.5472-4.78670.24421290.17851263X-RAY DIFFRACTION100
4.7867-5.08630.23551450.1841264X-RAY DIFFRACTION100
5.0863-5.47860.25981560.21231289X-RAY DIFFRACTION100
5.4786-6.0290.26731360.21221271X-RAY DIFFRACTION100
6.029-6.89930.30861340.221313X-RAY DIFFRACTION99
6.8993-8.68430.22581460.19981299X-RAY DIFFRACTION100
8.6843-48.66090.18981560.19381317X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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