PDB-4ezw: Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ezw

タイトル

Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK in complex with the designer peptide NRLLLTG

要素

Chaperone protein DnaKシャペロン
synthetic peptide NRLLLTG

キーワード

CHAPERONE/PEPTIDE BINDING PROTEIN /

chaperone (シャペロン) / CHAPERONE-PEPTIDE BINDING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / protein folding chaperone /

封入体 /

heat shock protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone /

ADP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zahn, M. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural Studies on the Forward and Reverse Binding Modes of Peptides to the Chaperone DnaK.
著者: Zahn, M. / Berthold, N. / Kieslich, B. / Knappe, D. / Hoffmann, R. / Strater, N.

履歴

登録	2012年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ezw.cif.gz	344.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ezw.ent.gz	286 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ezw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eznC 4ezoC 4ezpC 4ezqC 4ezrC 4eztC 4ezxC 4ezyC 4ezzC 4f00C 4f01C 4hy9C 4hybC 1dkx 1dky 1dkz 3dpo 3dpp 3dpq 3qnj 4e81 4ezs 4ezu 4ezv C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dpq-3 7jne-d 4ezn-3 4jwd-1 4ezt-d 4hyb-1 4jwi-2 4ezp-2 4ezu-d 4ezn-2 4ezv-5 4jwi-1 4jwc-1 4ezo-1 4hyb-2 4ezq-d 7jn9-d 3dpo-2 3dpp-1 7jmm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Chaperone protein DnaK

B: Chaperone protein DnaK

C: Chaperone protein DnaK

D: Chaperone protein DnaK

E: synthetic peptide NRLLLTG

F: synthetic peptide NRLLLTG

G: synthetic peptide NRLLLTG

H: synthetic peptide NRLLLTG

ヘテロ分子

99.3 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Chaperone protein DnaK

E: synthetic peptide NRLLLTG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chaperone protein DnaK

F: synthetic peptide NRLLLTG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Chaperone protein DnaK

G: synthetic peptide NRLLLTG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Chaperone protein DnaK

H: synthetic peptide NRLLLTG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.124, 78.026, 89.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Chaperone protein DnaK / シャペロン / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70 分子量: 23820.777 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 389-607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b0014, dnaK, groP, grpF, JW0013, seg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: タンパク質・ペプチド	synthetic peptide NRLLLTG 分子量: 786.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.99188 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月18日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99188 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 102300 / % possible obs: 99.8 % / R_merge(I) obs: 0.044
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.455 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→24.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.713 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22628	2044	2 %	RANDOM
R_work	0.19293	-	-	-
obs	0.19361	100061	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.335 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6748	0	45	616	7409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	6884
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.106	1.983	9292
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.235	5	896
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.755	26.688	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.128	15	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.876	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.158	0.2	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	5020
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	141	-
R_work	0.252	7308	-
obs	-	-	99.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2464	-0.3273	0.2355	1.1216	-0.3557	0.2365	0.0148	-0.0062	0.0026	-0.0186	-0.0127	0.0557	-0.0175	0.0017	-0.0021	0.1248	0.0021	-0.0003	0.1724	0.0136	0.0158	41.1454	33.8972	22.0657
2	0.6215	0.0483	0.2109	2.9827	-1.4446	1.1369	0.0219	-0.0617	-0.2769	-0.0745	-0.0369	-0.0611	-0.0013	0.0587	0.015	0.1298	-0.0036	-0.0174	0.1776	0.0294	0.1475	47.2549	22.5963	23.4928
3	1.5353	0.2806	-0.7662	3.6545	-1.3124	1.4307	0.178	0.1558	0.2722	-0.1445	0.1348	0.1221	-0.1526	-0.0856	-0.3128	0.1652	-0.0073	0.0763	0.1963	0.0479	0.096	58.9425	51.5519	6.9897
4	0.1187	-0.1279	0.1086	1.3579	-0.412	0.2225	0.0047	-0.004	0.0191	0.012	-0.0123	0.0437	-0.0019	-0.0187	0.0076	0.11	-0.0044	-0.0062	0.158	-0.0014	0.0181	45.2388	31.8229	67.6596
5	0.7048	-0.0691	0.0159	6.9576	-4.4188	3.2449	0.0867	0.1063	-0.0931	0.0123	-0.0063	0.0259	-0.063	-0.0368	-0.0804	0.0687	-0.0062	0.0079	0.1625	0.0235	0.0357	60.6332	43.6483	58.6105
6	2.0825	0.3694	0.7757	6.345	-2.542	3.0644	-0.1074	0.2308	0.0064	-0.113	0.139	-0.2186	-0.185	-0.0252	-0.0316	0.0992	-0.0203	0.0329	0.1923	0.0229	0.0245	66.0023	53.7014	49.8127
7	1.0226	-0.4007	0.2283	0.5792	-0.2658	0.452	-0.0281	-0.061	-0.1105	0.0064	0.0529	-0.0398	0.0289	0.0215	-0.0248	0.1146	0.0011	-0.0241	0.1718	0.0114	0.0387	57.4342	10.3301	50.785
8	1.6927	-0.4359	0.2568	1.6937	-0.3446	0.6502	0.0092	-0.1332	0.1653	-0.0003	-0.0666	0.0917	-0.0692	0.0116	0.0575	0.0904	0.0007	-0.0099	0.1661	-0.0065	0.0346	52.3561	23.0674	49.2834
9	2.8495	-0.3744	1.3709	2.5118	0.1636	1.7181	0.0731	-0.0858	-0.1261	0.2957	0.1677	0.0927	0.1257	0.0242	-0.2409	0.1082	0.0059	-0.0364	0.1869	-0.0215	0.0658	82.9307	18.7377	65.405
10	1.384	-0.2345	0.7811	0.2998	-0.2533	0.751	0.0884	-0.1293	-0.1166	-0.051	0.0059	-0.0041	0.1289	-0.0508	-0.0943	0.1267	-0.0152	-0.0159	0.1726	-0.0052	0.0197	59.8708	11.4275	96.985
11	0.8164	-0.6965	0.2103	1.3443	0.1838	0.5216	0.0734	0.0344	0.2632	-0.0434	-0.1557	-0.1252	0.0009	0.0353	0.0823	0.098	-0.0221	0.0133	0.2085	-0.0041	0.1053	69.5585	24.859	98.156
12	2.4514	-0.9597	1.9182	3.4392	-1.3597	3.3686	0.1702	-0.2143	0.235	0.4741	-0.1416	-0.1299	0.1257	0.0899	-0.0286	0.2279	-0.0785	-0.0547	0.295	-0.0226	0.0741	89.5242	20.2677	112.2679

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	389 - 494
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	495 - 525
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	526 - 602
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	389 - 516
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	517 - 556
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	557 - 603
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	389 - 495
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	496 - 529
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	530 - 603
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	389 - 508
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	509 - 549
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	550 - 604

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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