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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4djv | ||||||
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タイトル | Structure of BACE Bound to 2-imino-5-(3'-methoxy-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methyl-5-phenylimidazolidin-4-one | ||||||
要素 | Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / BACE1 (Β-セクレターゼ1) / Alzheimers (アルツハイマー病) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / recycling endosome / protein processing / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 小胞体 / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Strickland, C. / Cumming, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012 タイトル: Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor. 著者: Cumming, J.N. / Smith, E.M. / Wang, L. / Misiaszek, J. / Durkin, J. / Pan, J. / Iserloh, U. / Wu, Y. / Zhu, Z. / Strickland, C. / Voigt, J. / Chen, X. / Kennedy, M.E. / Kuvelkar, R. / Hyde, L. ...著者: Cumming, J.N. / Smith, E.M. / Wang, L. / Misiaszek, J. / Durkin, J. / Pan, J. / Iserloh, U. / Wu, Y. / Zhu, Z. / Strickland, C. / Voigt, J. / Chen, X. / Kennedy, M.E. / Kuvelkar, R. / Hyde, L.A. / Cox, K. / Favreau, L. / Czarniecki, M.F. / Greenlee, W.J. / McKittrick, B.A. / Parker, E.M. / Stamford, A.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4djv.cif.gz | 322.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4djv.ent.gz | 271.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4djv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/4djv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/4djv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46249.926 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 41-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE, BACE1, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / 詳細: Hanging Drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.73→20 Å / Num. obs: 104567 / % possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 10.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→19.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9498 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9363 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso max: 91.89 Å2 / Biso mean: 25.7292 Å2 / Biso min: 12.64 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.196 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→19.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.73→1.77 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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