PDB-4aqr: Crystal structure of calmodulin in complex with the regulatory do...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aqr

タイトル

Crystal structure of calmodulin in complex with the regulatory domain of a plasma-membrane Ca2+-ATPase

要素

CALCIUM-TRANSPORTING ATPASE 8, PLASMA MEMBRANE-TYPE
CALMODULIN-7カルモジュリン

キーワード

CA-BINDING PROTEIN/HYDROLASE / CA-BINDING PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX / PLASMA-MEMBRANE CALCIUM ATPASE

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of photomorphogenesis / response to nematode / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity /

原形質連絡 /

色素体 / detection of calcium ion / defense response to fungus / : /

calmodulin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Tidow, H. / Poulsen, L.R. / Andreeva, A. / Hein, K.L. / Palmgren, M.G. / Nissen, P.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: A Bimodular Mechanism of Calcium Control in Eukaryotes
著者: Tidow, H. / Poulsen, L.R. / Andreeva, A. / Knudsen, M. / Hein, K.L. / Wiuf, C. / Palmgren, M.G. / Nissen, P.

履歴

登録	2012年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2012年11月21日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aqr.cif.gz	159.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aqr.ent.gz	127.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aqr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/4aqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/4aqr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5wyh-2 4nu0-d 6kbb-d 1r88-d 6eo2-1 4xu1-d 3rux-d 6qeq-2 3c1z-2 3cmd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (15) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (15)

登録構造単位

A: CALMODULIN-7

B: CALMODULIN-7

D: CALCIUM-TRANSPORTING ATPASE 8, PLASMA MEMBRANE-TYPE

ヘテロ分子

41 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.251, 71.251, 163.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	CALMODULIN-7 / カルモジュリン / CALMODULIN / CAM-7 分子量: 16863.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P59220
#2: タンパク質	CALCIUM-TRANSPORTING ATPASE 8, PLASMA MEMBRANE-TYPE / CA(2+)-ATPASE ISOFORM 8 分子量: 6916.055 Da / 分子数: 1 / Fragment: PMCA R-DOMAIN, RESIDUES 40-95 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LF79, EC: 3.6.3.8
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 1.9M (NH4)2SO4, 0.1M CAPS (PH10.5), 0.2M LI2SO4 (FINAL PH 8.2)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9464
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9464 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 31551 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.3 % / B_iso Wilson estimate: 37.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 14.5 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→48.142 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2467	1578	5 %
R_work	0.2156	-	-
obs	0.2171	31538	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 71.062 Å² / k_sol: 0.345 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.6352 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-9.6352 Å²	0 Å²
3-	-	-	-23.3512 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.142 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2738	0	8	176	2922

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.985	3833
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.704	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	404
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	502

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.013	0.3413	141	0.301	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.013-2.0849	0.2868	141	0.257	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0849-2.1684	0.2888	140	0.232	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1684-2.2671	0.2711	140	0.2434	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2671-2.3866	0.2619	142	0.2216	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3866-2.5361	0.2698	141	0.228	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5361-2.7319	0.2391	143	0.2303	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7319-3.0068	0.2623	143	0.2328	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0068-3.4418	0.2397	144	0.2104	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4418-4.3359	0.2103	147	0.1862	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3359-48.157	0.2495	156	0.2122	2955	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8993	0.8089	2.2542	0.1705	0.3169	1.2654	0.0227	1.0237	0.0609	-0.2521	0.3765	0.9173	-0.2961	-0.2413	0.1575	0.3434	0.0441	-0.0324	0.468	0.2146	0.7029	10.1721	-8.5561	-16.8733
2	0.0127	0.0467	0.0081	0.0726	0.0205	0.0048	0.1348	0.0264	-0.5034	0.0563	0.2398	-0.6602	0.0477	0.2111	0.001	0.4416	0.0442	0.0361	0.496	-0.0187	0.566	22.6244	-16.4926	-12.9071
3	0.873	0.2561	-0.3635	0.3424	0.2352	0.3896	-0.0172	-0.4016	-0.012	0.2962	0.4309	-0.0582	-0.0808	-0.1034	-0.001	0.4272	0.0333	-0.0244	0.5715	-0.0496	0.4837	30.8105	-5.7162	-14.6843
4	0.8692	-0.3514	-0.9217	1.1776	0.8666	1.0405	0.0344	-0.6301	0.1325	0.9132	0.1378	0.1176	-0.0333	0.6137	0.047	0.4874	0.068	-0.0049	0.5378	0.0088	0.4126	21.2209	-7.6493	-5.2422
5	0.5398	0.31	0.6288	0.3417	0.4682	0.7687	-0.828	-0.3794	0.7276	-0.502	-0.8604	0.1713	-1.8205	0.2742	-0.0196	1.4362	0.0847	-0.003	1.8407	-0.2749	1.0004	14.1864	7.6918	-8.2684
6	0.3652	0.2278	0.1619	0.6369	-0.1288	0.1799	0.0944	-0.873	0.6975	0.6502	0.1982	0.4982	-0.3565	0.1765	-0.0008	0.628	0.0458	0.0476	0.5595	-0.0144	0.5931	17.5952	8.8054	-21.209
7	0.1587	0.1358	-0.0811	0.2143	-0.1819	0.1263	-0.0042	-0.2962	0.4333	-0.5426	-0.1034	0.5156	-0.6296	-0.3089	0.0005	0.5961	-0.0105	-0.0078	0.4814	0.0662	0.5006	23.5815	9.9611	-31.5023
8	0.1739	0.1369	-0.0752	0.0634	-0.0388	0.1635	-0.1444	0.3295	-0.3636	-0.6733	0.0042	-0.3827	0.1505	0.4074	0.0006	0.4813	-0.0189	-0.0055	0.5813	-0.0161	0.493	24.9581	-4.2891	-30.7731
9	0.6983	0.9974	-0.1154	1.28	-0.0217	0.8817	0.0122	0.667	-0.0659	-0.9525	0.209	0.7125	-0.1246	-0.5681	0.0001	0.6375	0.0528	-0.0777	0.674	0.0622	0.5972	14.001	2.8604	-34.4862
10	1.8371	0.453	-0.7952	0.1792	0.172	1.9133	0.2122	0.1569	0.4592	0.2713	0.0096	0.0318	-0.1556	0.004	0.0001	0.4836	0.0085	0.0841	0.4002	-0.0104	0.6033	44.7983	20.458	13.3608
11	1.4654	0.6814	0.0519	1.9001	-0.2096	-0.0247	-0.1236	0.4434	-0.2326	0.1207	0.2769	-0.0296	-0.0332	-0.1438	0.0001	0.5027	-0.0214	0.0181	0.4947	-0.0494	0.4836	40.8933	5.341	13.1769
12	1.9144	0.374	-0.9094	0.6577	-0.6344	0.8012	-0.1664	0.9133	-0.1926	-0.7335	0.407	0.5642	0.9528	-0.9328	1.2215	0.3136	-0.0281	-0.0092	0.6406	0.18	0.5495	36.9671	19.9005	8.4616
13	0.2732	0.0843	0.0212	0.2869	-0.004	0.1218	1.3809	1.1886	0.3499	-1.4238	-0.7891	1.5109	-0.3752	-0.5401	-0.0046	1.0659	0.0694	0.0872	1.0994	0.1695	1.198	27.4277	19.5599	22.8143
14	0.0576	0.0124	-0.0081	0.0149	-0.0458	0.8979	0.0371	-0.2421	-0.5627	0.153	0.3636	0.9433	0.0284	-0.7806	-0.0011	0.7596	0.0652	0.1148	0.8867	0.0566	0.8488	33.2385	15.3999	33.9397
15	6.6839	0.6793	6.1015	1.9323	-2.2695	9.9539	-2.0899	-0.5081	-0.8749	-0.008	-0.2327	-0.6548	-0.5194	1.5397	-0.9366	1.1311	0.2162	0.1979	1.3948	-0.2992	0.9834	38.1261	23.4369	40.2146
16	3.091	2.0016	3.6504	5.417	-0.0602	5.8433	0.0933	-0.5157	1.3254	1.6305	-0.2599	-0.7607	0.0622	-1.0754	-0.0218	1.8171	0.199	0.5477	0.8003	-0.0368	1.3686	28.823	28.3135	31.6021
17	0.1697	0.7555	0.1193	0.1603	0.6346	1.1507	-0.0996	0.0487	0.1674	-0.2284	0.0037	0.1786	-0.432	-0.1168	0.0005	0.4439	0.0516	-0.0468	0.454	-0.0656	0.5203	25.8461	6.8754	-1.807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 4:20)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 21:29)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 30:45)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 46:74)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 75:81)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 82:93)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 94:102)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 103:118)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 119:148)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 3:29)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 30:65)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 66:83)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 84:93)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 94:118)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 119:129)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESSEQ 130:148)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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