+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qeq | |||||||||
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Title | PcfF from Enterococcus faecalis pCF10 | |||||||||
Components | PcfF | |||||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Accessory factor | |||||||||
Function / homology | Bacterial mobilisation / Bacterial mobilisation protein (MobC) / PcfF Function and homology information | |||||||||
Biological species | Enterococcus faecalis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Rehman, S. / Berntsson, R.P.A. | |||||||||
Funding support | Sweden, 2items
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Citation | Journal: Front Microbiol / Year: 2019 Title: Enterococcal PcfF Is a Ribbon-Helix-Helix Protein That Recruits the Relaxase PcfG Through Binding and Bending of the oriT Sequence. Authors: Rehman, S. / Li, Y.G. / Schmitt, A. / Lassinantti, L. / Christie, P.J. / Berntsson, R.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qeq.cif.gz | 278.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qeq.ent.gz | 241.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qeq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/6qeq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/6qeq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14081.807 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus faecalis (bacteria) / Gene: pcfF, DAI13_16755 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5G3N6 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M Lithium sulphate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-3 / Wavelength: 0.9677 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Feb 19, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9677 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.76→37.813 Å / Num. obs: 99328 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.636 % / Biso Wilson estimate: 41.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.477 / Net I/σ(I): 9.73 / Num. measured all: 361156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.9→37.813 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / Phase error: 27.71
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 348.61 Å2 / Biso mean: 81.6082 Å2 / Biso min: 25.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→37.813 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 49.4734 Å / Origin y: 27.6777 Å / Origin z: 3.5588 Å
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Refinement TLS group |
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