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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4a7g | ||||||
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タイトル | Structure of human I113T SOD1 mutant complexed with 4-methylpiperazin- 1-yl)quinazoline in the p21 space group. | ||||||
要素 | (SUPEROXIDE DISMUTASE [CU- ...) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS / ANTIOXIDANT (抗酸化物質) / DISEASE MUTATION / METAL-BINDING / ZN SUPEROXIDE DISMUTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / superoxide anion generation / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / retrograde axonal transport / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / superoxide metabolic process / heart contraction / スーパーオキシドディスムターゼ / positive regulation of catalytic activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / neuronal action potential / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / reactive oxygen species metabolic process / 着床 / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / : / positive regulation of superoxide anion generation / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / locomotory behavior / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / placenta development / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / ミトコンドリア / small GTPase binding / 血圧 / negative regulation of inflammatory response / ペルオキシソーム / Platelet degranulation / 遺伝子発現 / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.24 Å | ||||||
データ登録者 | Wright, G.S.A. / Kershaw, N.M. / Sharma, R. / Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Berry, N.G. / O'Neil, P.M. / Hasnain, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Curr.Med.Chem. / 年: 2013 タイトル: X-ray crystallography and computational docking for the detection and development of protein-ligand interactions. 著者: Kershaw, N.M. / Wright, G.S. / Sharma, R. / Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Berry, N.G. / O'Neill, P.M. / Hasnain, S.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4a7g.cif.gz | 149 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4a7g.ent.gz | 124.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4a7g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/4a7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/4a7g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-SUPEROXIDE DISMUTASE [CU- ... , 2種, 2分子 AF
#1: タンパク質 | 分子量: 15803.453 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET303 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P00441, スーパーオキシドディスムターゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15815.508 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET303 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P00441, スーパーオキシドディスムターゼ |
-非ポリマー , 6種, 401分子
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-ACT / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5 詳細: 100MM SODIUM ACETATE PH 5, 150 MM SODIUM CHLORIDE, 2.5 M AMMONIUM SULPHATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.866 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月6日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.866 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.24→50 Å / Num. obs: 71339 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.24→1.28 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 1.24→48.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.485 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.052 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.24→48.33 Å
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拘束条件 |
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