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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pu0 | ||||||
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タイトル | Structure of Human Cu,Zn Superoxide Dismutase | ||||||
要素 | Superoxide dismutase [Cu-Zn] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALS (筋萎縮性側索硬化症) / FALS / Lou Gehrig's disease (筋萎縮性側索硬化症) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / superoxide anion generation / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / retrograde axonal transport / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / superoxide metabolic process / heart contraction / スーパーオキシドディスムターゼ / positive regulation of catalytic activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / neuronal action potential / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / glutathione metabolic process / axon cytoplasm / reactive oxygen species metabolic process / 着床 / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / : / positive regulation of superoxide anion generation / thymus development / locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / placenta development / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / ミトコンドリア / small GTPase binding / 血圧 / negative regulation of inflammatory response / ペルオキシソーム / Platelet degranulation / 遺伝子発現 / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | DiDonato, M. / Craig, L. / Huff, M.E. / Thayer, M.M. / Cardoso, R.M.F. / Kassmann, C.J. / Lo, T.P. / Bruns, C.K. / Powers, E.T. / Kelly, J.W. ...DiDonato, M. / Craig, L. / Huff, M.E. / Thayer, M.M. / Cardoso, R.M.F. / Kassmann, C.J. / Lo, T.P. / Bruns, C.K. / Powers, E.T. / Kelly, J.W. / Getzoff, E.D. / Tainer, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: ALS Mutants of Human Superoxide Dismutase Form Fibrous Aggregates Via Framework Destabilization 著者: DiDonato, M. / Craig, L. / Huff, M.E. / Thayer, M.M. / Cardoso, R.M.F. / Kassmann, C.J. / Lo, T.P. / Bruns, C.K. / Powers, E.T. / Kelly, J.W. / Getzoff, E.D. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pu0.cif.gz | 310.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pu0.ent.gz | 251.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pu0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1pu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1pu0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a homodimer. The asymmetric unit contain 5 homodimers. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15827.561 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00441, スーパーオキシドディスムターゼ #2: 化合物 | ChemComp-CU1 / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.96 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ammonium sulphate, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 96 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月17日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 262366 / Num. obs: 262366 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.061 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rsym value: 0.32 / % possible all: 99.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 冗長度: 5.18 % / Num. measured all: 1361069 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.32 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1SOS 解像度: 1.7→30 Å / Num. parameters: 49294 / Num. restraintsaints: 45691 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Num. disordered residues: 20 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 12181.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.243 / Rfactor Rwork: 0.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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