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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hl4 | ||||||
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タイトル | The Structure of Apo Type Human Cu, Zn Superoxide Dismutase | ||||||
要素 | SUPEROXIDE DISMUTASEスーパーオキシドディスムターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HUMAN CU / ZN SUPEROXIDE DISMUTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / anterograde axonal transport / retrograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / anterograde axonal transport / retrograde axonal transport / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / superoxide anion generation / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / superoxide metabolic process / heart contraction / positive regulation of catalytic activity / スーパーオキシドディスムターゼ / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / neuronal action potential / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / ectopic germ cell programmed cell death / glutathione metabolic process / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / axon cytoplasm / 着床 / reactive oxygen species metabolic process / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of mitochondrial membrane potential / thymus development / locomotory behavior / placenta development / response to organic substance / determination of adult lifespan / positive regulation of cytokine production / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / ミトコンドリア / small GTPase binding / 血圧 / negative regulation of inflammatory response / ペルオキシソーム / Platelet degranulation / 遺伝子発現 / response to heat / protein-folding chaperone binding / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Strange, R.W. / Antonyuk, S. / Hough, M.A. / Doucette, P. / Rodriguez, J. / Hart, P.J. / Hayward, L.J. / Valentine, J.S. / Hasnain, S.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: The Structure of Holo and Metal-Deficient Wild-Type Human Cu, Zn Superoxide Dismutase and its Relevance to Familial Amyotrophic Lateral Sclerosis 著者: Strange, R.W. / Antonyuk, S. / Hough, M.A. / Doucette, P. / Rodriguez, J. / Hart, P.J. / Hayward, L.J. / Valentine, J.S. / Hasnain, S.S. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hl4.cif.gz | 118.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hl4.ent.gz | 92.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hl4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/1hl4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/1hl4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15853.599 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): EG118 参照: UniProt: P00441, スーパーオキシドディスムターゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: 0.2M NH4CL, 20%PEG2000, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M MES PH 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 265996 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.82 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 50360 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.5 % / Num. measured all: 176234 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.82 Å / 最低解像度: 1.89 Å / % possible obs: 83.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SOS 解像度: 1.82→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.695 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: DISORDERED REGIONS IN MONOMERS B AND D WERE REMOVED FROM THE STRUCTURE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→25 Å
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拘束条件 |
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