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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mcm | ||||||
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タイトル | Human SOD1 C57S Mutant, As-isolated | ||||||
要素 | Superoxide dismutase [Cu-Zn] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HUMAN CU / ZN SUPEROXIDE DISMUTASE / ANTIOXIDANT (抗酸化物質) / METAL-BINDING / AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS / DISULFIDE BOND (ジスルフィド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus ...action potential initiation / neurofilament cytoskeleton organization / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / protein phosphatase 2B binding / regulation of organ growth / relaxation of vascular associated smooth muscle / response to superoxide / anterograde axonal transport / peripheral nervous system myelin maintenance / regulation of T cell differentiation in thymus / superoxide anion generation / retina homeostasis / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / hydrogen peroxide biosynthetic process / auditory receptor cell stereocilium organization / retrograde axonal transport / regulation of protein kinase activity / myeloid cell homeostasis / muscle cell cellular homeostasis / regulation of GTPase activity / superoxide metabolic process / heart contraction / スーパーオキシドディスムターゼ / positive regulation of catalytic activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / transmission of nerve impulse / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / superoxide dismutase activity / regulation of multicellular organism growth / response to axon injury / neuronal action potential / ectopic germ cell programmed cell death / positive regulation of phagocytosis / ovarian follicle development / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / reactive oxygen species metabolic process / 着床 / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / : / positive regulation of superoxide anion generation / thymus development / regulation of mitochondrial membrane potential / locomotory behavior / positive regulation of cytokine production / determination of adult lifespan / placenta development / sensory perception of sound / response to hydrogen peroxide / ミトコンドリア / small GTPase binding / 血圧 / negative regulation of inflammatory response / ペルオキシソーム / Platelet degranulation / 遺伝子発現 / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / 精子形成 / response to ethanol / intracellular iron ion homeostasis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / ミトコンドリアマトリックス / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Sea, K. / Sohn, S.H. / Durazo, A. / Sheng, Y. / Shaw, B. / Cao, X. / Taylor, A.B. / Whitson, L.J. / Holloway, S.P. / Hart, P.J. ...Sea, K. / Sohn, S.H. / Durazo, A. / Sheng, Y. / Shaw, B. / Cao, X. / Taylor, A.B. / Whitson, L.J. / Holloway, S.P. / Hart, P.J. / Cabelli, D.E. / Gralla, E.B. / Valentine, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Insights into the role of the unusual disulfide bond in copper-zinc superoxide dismutase. 著者: Sea, K. / Sohn, S.H. / Durazo, A. / Sheng, Y. / Shaw, B.F. / Cao, X. / Taylor, A.B. / Whitson, L.J. / Holloway, S.P. / Hart, P.J. / Cabelli, D.E. / Gralla, E.B. / Valentine, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mcm.cif.gz | 361.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mcm.ent.gz | 295.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mcm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/4mcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/4mcm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15811.496 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 2-154 / 変異: C57S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / プラスミド: YEP351-HSOD / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 参照: UniProt: P00441, スーパーオキシドディスムターゼ #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.11 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 108701 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 25.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 10297 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 95.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1AZV 解像度: 2.2→29.836 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.836 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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