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Yorodumi- PDB-3sg0: The crystal structure of an extracellular ligand-binding receptor... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sg0 | ||||||
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Title | The crystal structure of an extracellular ligand-binding receptor from Rhodopseudomonas palustris HaA2 | ||||||
Components | Extracellular ligand-binding receptor | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / ligand-binding | ||||||
Function / homology | Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / BENZOYL-FORMIC ACID / Extracellular ligand-binding receptor Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.201 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2013 Title: Structural and functional characterization of solute binding proteins for aromatic compounds derived from lignin: p-coumaric acid and related aromatic acids. Authors: Tan, K. / Chang, C. / Cuff, M. / Osipiuk, J. / Landorf, E. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sg0.cif.gz | 170.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sg0.ent.gz | 140.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sg0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sg0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3rpwC 3tx6C 3uk0C 3ukjC 4dqdC 4eyoC 4eyqC 4f8jC 4fb4C 4i1dC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. It is predicted to be a monomer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 41350.727 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) Strain: HaA2 / Gene: Rhodopseudomonas palustris, RPB_4630 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) magic / References: UniProt: Q2IR47 |
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#2: Chemical | ChemComp-173 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 1.6M Sodium Citrate Tribasic, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97929 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 4, 2011 / Details: Mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97929 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.2→39 Å / Num. all: 134515 / Num. obs: 134515 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 44.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.2→1.22 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 95.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.201→38.625 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / Phase error: 12.92 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.194 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.201→38.625 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 21.9011 Å / Origin y: -13.5658 Å / Origin z: -10.0911 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |