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Yorodumi- PDB-4i1d: The crystal structure of an ABC transporter substrate-binding pro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i1d | ||||||
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Title | The crystal structure of an ABC transporter substrate-binding protein from Bradyrhizobium japonicum USDA 110 | ||||||
Components | ABC transporter substrate-binding protein | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bradyrhizobium japonicum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.201 Å | ||||||
Authors | Fan, Y. / Tan, K. / Mack, J. / Zerbs, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2013 Title: Structural and functional characterization of solute binding proteins for aromatic compounds derived from lignin: p-Coumaric acid and related aromatic acids. Authors: Tan, K. / Chang, C. / Cuff, M. / Osipiuk, J. / Landorf, E. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4i1d.cif.gz | 514.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4i1d.ent.gz | 442.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4i1d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/4i1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/4i1d | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3rpwC 3sg0C 3tx6C 3uk0C 3ukjC 4dqdC 4eyoC 4eyqC 4f8jC 4fb4C 4fcl C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 35735.422 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bradyrhizobium japonicum (bacteria) / Strain: USDA 110 / Gene: bll6825 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: Q89F76 |
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-Non-polymers , 5 types, 315 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-MLT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 64.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate:Acetic Acid:HCl, 50% (v/v) PEG400, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97921 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2011 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97921 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 100645 / Num. obs: 100645 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 31.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4572 / % possible all: 90.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.201→49.892 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.608 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.201→49.892 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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