PDB-3qgg: Crystal structure of the hepatitis C virus NS5B RNA-dependent RNA...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 3qgg

タイトル

Crystal structure of the hepatitis C virus NS5B RNA-dependent RNA polymerase complex with (2E)-3-(4-{[(1-{[(13-cyclohexyl-6-oxo-6,7-dihydro-5H-indolo[1,2-d][1,4]benzodiazepin-10-yl)carbonyl]amino}cyclopentyl)carbonyl]amino}phenyl)prop-2-enoic acid and N-cyclopropyl-6-[(3R)-3-{[4-(trifluoromethoxy)benzyl]carbamoyl}-4-{[4-(trifluoromethoxy)phenyl]sulfonyl}piperazin-1-yl]pyridazine-3-carboxamide

要素

RNA-directed RNA polymerase

RNA依存性RNAポリメラーゼ

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR /

NS5B /

POLYMERASE (ポリメラーゼ) / HCV /

FINGERS (指) /

PALM (パーム) /

THUMB (親指) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive stranded viral RNA replication /

hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / : / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity ...
類似検索 - 分子機能

Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region /

Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b /

Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b ...Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region /

Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b /

Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein /

Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 /

Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein /

Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. /

Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a /

Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein /

Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 /

Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 /

RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase /

Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain /

DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily /

Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits /

RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Hepatitis C virus subtype 1b (C型肝炎ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.22 Å

データ登録者

Sheriff, S.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Investigation of the mode of binding of a novel series of N-benzyl-4-heteroaryl-1-(phenylsulfonyl)piperazine-2-carboxamides to the hepatitis C virus polymerase.
著者: Gentles, R.G. / Sheriff, S. / Beno, B.R. / Wan, C. / Kish, K. / Ding, M. / Zheng, X. / Chupak, L. / Poss, M.A. / Witmer, M.R. / Morin, P. / Wang, Y.K. / Rigat, K. / Lemm, J. / Voss, S. / Liu, ...

履歴

登録	2011年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qgg.cif.gz	221.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qgg.ent.gz	177.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qgg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/3qgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/3qgg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qgdC 3qgeC 3qgfC 3qghC 3qgiC 3q0zS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jvq-1 3udl-1 4ty9-1 4txs-2 3mwv-1 4jy1-1 3igv-2 4iz0-1 3cj2-1 4ty8-4 3qgf-1 2xi2-1 3udl-2 4ju1-2 3qgf-2 3udl-4 4ry7-1 4ih7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (35)

登録構造単位

A: RNA-directed RNA polymerase

B: RNA-directed RNA polymerase

ヘテロ分子

131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA-directed RNA polymerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RNA-directed RNA polymerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.400, 90.100, 232.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RNA-directed RNA polymerase / RNA依存性RNAポリメラーゼ / NS5B / p68 分子量: 63961.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hepatitis C virus subtype 1b (C型肝炎ウイルス) 株: Bartenschlager / 遺伝子: NS5B / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR / 参照: UniProt: Q9WMX2, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-23E / (2E)-3-(4-{[(1-{[(13-cyclohexyl-6-oxo-6,7-dihydro-5H-indolo[1,2-d][1,4]benzodiazepin-10-yl)carbonyl]amino}cyclopentyl)carbonyl]amino}phenyl)prop-2-enoic acid 分子量: 630.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₃₈N₄O₅
#3: 化合物	ChemComp-63F / N-cyclopropyl-6-[(3R)-3-{[4-(trifluoromethoxy)benzyl]carbamoyl}-4-{[4-(trifluoromethoxy)phenyl]sulfonyl}piperazin-1-yl]pyridazine-3-carboxamide 分子量: 688.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₆F₆N₆O₆S
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM Sodium Citrate, 1.75 M (NH4)2SO4, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 23557 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 89.68 Å² / R_merge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 3.25→3.37 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER-TNT	BUSTER 2.9.4	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000	(DENZO)	データ削減
HKL-2000	(SCALEPACK)	データスケーリング
AMoRE		位相決定
BUSTER	2.9.4	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q0Z, NS5B

3q0z

解像度: 3.22→46.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8438 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.446

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2246	1006	4.34 %	RANDOM
R_work	0.1811	-	-	-
obs	0.1829	23206	87.79 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 157.27 Å² / B_iso mean: 58.6322 Å² / B_iso min: 10.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-23.0156 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.9393 Å²	0 Å²
3-	-	-	25.9549 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.594 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.22→46.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8230	0	218	0	8448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2928	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	153	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1272	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	8645	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion	18	HARMONIC	0
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1122	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	9781	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	8645	HARMONIC	2	0.009
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	11754	HARMONIC	2	1.11
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.39
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				21.01

LS精密化シェル

解像度: 3.22→3.36 Å / Total num. of bins used: 12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2704	117	4.26 %
R_work	0.2132	2627	-
all	0.2156	2744	-
obs	-	-	87.79 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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