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- PDB-3udl: 3-heterocyclyl quinolone bound to HCV NS5B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3udl
タイトル3-heterocyclyl quinolone bound to HCV NS5B
要素HCV NS5B polymerase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HCV / polymerase (ポリメラーゼ) / drug design (医薬品設計) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / SH3 domain binding / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b ...Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Alpha-Beta Plaits / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KLI / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus subtype 1b (C型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.174 Å
データ登録者Somoza, J.R.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Quinolones as HCV NS5B polymerase inhibitors.
著者: Kumar, D.V. / Rai, R. / Brameld, K.A. / Somoza, J.R. / Rajagopalan, R. / Janc, J.W. / Xia, Y.M. / Ton, T.L. / Shaghafi, M.B. / Hu, H. / Lehoux, I. / To, N. / Young, W.B. / Green, M.J.
履歴
登録2011年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HCV NS5B polymerase
B: HCV NS5B polymerase
C: HCV NS5B polymerase
D: HCV NS5B polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,7968
ポリマ－256,4144
非ポリマー2,3824
水17,366964
1
A: HCV NS5B polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6992
ポリマ－64,1031
非ポリマー5961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HCV NS5B polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6992
ポリマ－64,1031
非ポリマー5961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: HCV NS5B polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6992
ポリマ－64,1031
非ポリマー5961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: HCV NS5B polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6992
ポリマ－64,1031
非ポリマー5961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.746, 101.863, 250.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
HCV NS5B polymerase


分子量: 64103.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus subtype 1b (C型肝炎ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99AU2, UniProt: P26663*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-KLI / 3-(5-benzyl-1,2,4-oxadiazol-3-yl)-6-fluoro-1-[2-fluoro-4-(trifluoromethyl)benzyl]-7-(4-methylpiperazin-1-yl)quinolin-4(1H)-one


分子量: 595.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H26F5N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 964 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.1
詳細: 16% PEG 4K, 10% glycerol, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.3 M NaCl, 0.1 M NaAcetate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月7日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.4 % / Av σ(I) over netI: 20.81 / 数: 852331 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.31 / D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 133011 / % possible obs: 98.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.835099.910.0431.6717.2
4.635.8310010.0571.9557
4.054.6310010.0692.6137.1
3.684.0510010.082.667.2
3.413.6810010.0892.3177.2
3.213.4110010.0981.8287.3
3.053.2110010.1151.4577.4
2.923.0510010.1341.2087.4
2.812.9210010.1561.0397.4
2.712.8110010.1770.9247.4
2.622.7110010.2040.8267.3
2.552.6210010.2320.7177.2
2.482.5510010.2670.6377
2.422.4810010.2820.6026.6
2.372.4210010.3080.5976
2.322.3799.710.3280.5835.3
2.272.3298.210.3470.5874.6
2.232.2794.310.4020.5374
2.192.2388.310.4080.6633.4
2.152.1983.410.4010.5253
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 135449 / Num. obs: 133011 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.309 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.1930.40155620.525183.4
2.19-2.233.40.40859130.663188.3
2.23-2.2740.40263070.537194.3
2.27-2.324.60.34765900.587198.2
2.32-2.375.30.32866850.583199.7
2.37-2.4260.30867000.5971100
2.42-2.486.60.28267300.6021100
2.48-2.5570.26767080.6371100
2.55-2.627.20.23267060.7171100
2.62-2.717.30.20467320.8261100
2.71-2.817.40.17767340.9241100
2.81-2.927.40.15667341.0391100
2.92-3.057.40.13467681.2081100
3.05-3.217.40.11567591.4571100
3.21-3.417.30.09867791.8281100
3.41-3.687.20.08967842.3171100
3.68-4.057.20.0868232.661100
4.05-4.637.10.06968582.6131100
4.63-5.8370.05769421.9551100
5.83-507.20.04371971.671199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.583 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.253
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.2位相決定
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BOSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.174→49.913 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8159 / SU ML: 0.3 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2432 12707 9.95 %Random
Rwork0.1914 ---
all0.1966 ---
obs0.1966 127724 92.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.563 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 103.24 Å2 / Biso mean: 36.7082 Å2 / Biso min: 14.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2334 Å20 Å2-0 Å2
2--3.9206 Å20 Å2
3----8.154 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.174→49.913 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17276 0 172 964 18412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317847
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68824232
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033060
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0576624
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.174-2.19880.3072100.25741706191642
2.1988-2.22470.36593070.27652850315770
2.2247-2.25180.35393370.25963122345976
2.2518-2.28030.32623270.25093143347077
2.2803-2.31030.28383850.24283465385085
2.3103-2.34190.30523840.22343538392287
2.3419-2.37540.30334070.22073799420692
2.3754-2.41090.29553940.20823791418593
2.4109-2.44850.27864580.20783870432895
2.4485-2.48870.26884470.2073899434695
2.4887-2.53160.28454290.19163933436296
2.5316-2.57760.2654040.20373929433396
2.5776-2.62720.25964380.20873996443496
2.6272-2.68080.27574380.20153988442697
2.6808-2.73910.24964060.20234008441498
2.7391-2.80280.26454440.20254010445498
2.8028-2.87290.274480.19794058450698
2.8729-2.95060.26914550.20714049450498
2.9506-3.03740.2664710.2084029450099
3.0374-3.13540.25434370.21314114455199
3.1354-3.24740.25724850.20584048453399
3.2474-3.37740.24934950.20484075457099
3.3774-3.53110.24264480.191141514599100
3.5311-3.71720.22824450.184441194564100
3.7172-3.950.23234530.176541604613100
3.95-4.25490.21364410.161541984639100
4.2549-4.68280.20074740.151541524626100
4.6828-5.35970.19854550.168842284683100
5.3597-6.750.23114680.196642414709100
6.75-49.92640.19255170.16534348486599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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