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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qds | ||||||
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Title | Structure of apo Boletus edulis lectin | ||||||
![]() | BOLETUS EDULIS LECTIN | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | Fungal fruit body lectin / Fungal fruit body lectin / Cytolysin/lectin / Cytolysin/lectin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bovi, M. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Perduca, M. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of a lectin with antitumoral properties in king bolete (Boletus edulis) mushrooms. Authors: Bovi, M. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Perduca, M. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 127 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 98.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3qdtC ![]() 3qduC ![]() 3qdvC ![]() 3qdwSC ![]() 3qdxC ![]() 3qdyC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15851.834 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.23 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 1.6M ammonium sulphate, 0.05M MES, 10% dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 8, 2007 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.15→29.3 Å / Num. obs: 95942 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.15→1.21 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 89.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: pdb entry 3QDW Resolution: 1.15→29.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 0.884 / SU ML: 0.02 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.037 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 9.382 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.15→29.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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