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Yorodumi- PDB-3qdx: Structure of the orthorhombic form of the Boletus edulis lectin i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qdx | |||||||||
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Title | Structure of the orthorhombic form of the Boletus edulis lectin in complex with T-antigen disaccharide and N,N-diacetyl chitobiose | |||||||||
Components | BOLETUS EDULIS LECTIN | |||||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / Boletus edulis / lectin / mushroom / T-antigen disaccharide / N / N-diacetyl chitobiose / Carbohydrate / Sugar Binding | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Boletus edulis (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | |||||||||
Authors | Bovi, M. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Perduca, M. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L. | |||||||||
Citation | Journal: Glycobiology / Year: 2011 Title: Structure of a lectin with antitumoral properties in king bolete (Boletus edulis) mushrooms. Authors: Bovi, M. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Perduca, M. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qdx.cif.gz | 129.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qdx.ent.gz | 99.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qdx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/3qdx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3qdsC 3qdtC 3qduC 3qdvC 3qdwSC 3qdyC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15851.834 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Boletus edulis (fungus) / References: UniProt: F2Z266*PLUS #2: Polysaccharide | #3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 1.6M ammonium sulphate, 0.05M MES, 10% dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 20, 2008 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→48.97 Å / Num. obs: 31154 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 14.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 3QDW Resolution: 1.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.712 / SU ML: 0.057 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.103 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 11.707 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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