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Yorodumi- PDB-3q20: Crystal structure of RbcX C103A mutant from Thermosynechococcus e... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3q20 | |||||||||
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Title | Crystal structure of RbcX C103A mutant from Thermosynechococcus elongatus | |||||||||
Components | RbcX protein | |||||||||
Keywords | CHAPERONE / helix bundle / RuBisCO assembly | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Chaperonin-like RbcX / Chaperonin-like RbcX superfamily / RbcX protein / Chaperonin-like RbcX / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | |||||||||
Biological species | Thermosynechococcus elongatus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.71 Å | |||||||||
Authors | Tarnawski, M. / Krzywda, S. / Szczepaniak, A. / Jaskolski, M. | |||||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2011 Title: Structure of the RuBisCO chaperone RbcX from the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus Authors: Tarnawski, M. / Krzywda, S. / Bialek, W. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3q20.cif.gz | 115.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3q20.ent.gz | 90.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3q20.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/3q20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/3q20 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2peqS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14572.369 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C103A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermosynechococcus elongatus (bacteria) Strain: BP-1 / Gene: rbcX, tll1505 / Plasmid: pET16b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8DIS6 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 0.1M sodium acetate, 1.0M 1,6-hexanediol, 0.01M cobalt(II) chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Aug 2, 2008 |
Radiation | Monochromator: Si-111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→41.2 Å / Num. obs: 31245 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 29.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 71.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2PEQ Resolution: 1.71→41.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.771 / SU ML: 0.07 / Cross valid method: R FREE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.097 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.773 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.71→41.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.71→1.754 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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