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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pfy | ||||||
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Title | The catalytic domain of human OTUD5 | ||||||
![]() | OTU domain-containing protein 5 | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of TORC2 signaling / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Walker, J.R. / Asinas, A.E. / Crombet, L. / Dong, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: The catalytic domain of human OTUD5 Authors: Walker, J.R. / Asinas, A.E. / Crombet, L. / Dong, A. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 73 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 59.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 22315.311 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: OTU DOMAIN (UNP Residues 172-339) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 109 molecules ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/UNX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/UNX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ChemComp-PG4 / | ![]() #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | ![]() #5: Chemical | ChemComp-UNX / | #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Sequence details | THE SEQUENCE IN THIS ENTRY CORRESPOND |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.33 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 2% PEG 400, 2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM HEPES, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 22, 2010 / Details: SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMETER |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.7→40 Å / Num. all: 19398 / Num. obs: 19398 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 18.7 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 65.27 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 19 % / Mean I/σ(I) obs: 17.9 / Num. unique all: 952 / Rsym value: 0.199 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.262 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.702→36.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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