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- PDB-3o43: Complex of an alpha/beta-peptide based on the gp41 CHR domain bou... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3o43 | |||||||||
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Title | Complex of an alpha/beta-peptide based on the gp41 CHR domain bound to gp41-5 | |||||||||
![]() |
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![]() | ![]() | |||||||||
Biological species | Artificial gene (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Horne, W.S. / Johnson, L.M. / Gellman, S.H. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Broad Distribution of Energetically Important Contacts across an Extended Protein Interface. Authors: Johnson, L.M. / Horne, W.S. / Gellman, S.H. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 196.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 159.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3o3xSC ![]() 3o3zC ![]() 3o40C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 22246.820 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Artificial gene (others) / Production host: ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: Protein/peptide | Mass: 4526.087 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic peptide | ||
#3: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.05 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.05 M MgCl2, 0.05 M Tris pH 8.5, 10% w/v PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 9, 2009 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. obs: 7321 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.5 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 15.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB entry 3O3X Resolution: 2.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 30.716 / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.426 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.1 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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