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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f4y | ||||||
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タイトル | HIV gp41 six-helix bundle containing a mutant CHR alpha-peptide sequence | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / helix bundle (ヘリックスバンドル) / AIDS (後天性免疫不全症候群) / Apoptosis (アポトーシス) / Cell membrane (細胞膜) / Cleavage on pair of basic residues / Coiled coil (コイルドコイル) / Envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) / Fusion protein (融合タンパク質) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Host-virus interaction / Lipoprotein (リポタンパク質) / Membrane (生体膜) / Palmitate (パルミチン酸) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Viral immunoevasion / Virion (ウイルス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Horne, W.S. / Gellman, S.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: Structural and biological mimicry of protein surface recognition by alpha/beta-peptide foldamers 著者: Horne, W.S. / Johnson, L.M. / Ketas, T.J. / Klasse, P.J. / Lu, M. / Moore, J.P. / Gellman, S.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3f4y.cif.gz | 103.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3f4y.ent.gz | 85.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3f4y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/3f4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/3f4y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4150.851 Da / 分子数: 3 / 断片: HIV gp41 NHR domain / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide is chemically synthesized. It occurs naturally in HIV. 参照: UniProt: P04580 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4444.915 Da / 分子数: 3 / 断片: HIV gp41 CHR domain mutant Mutation: M1T, M4E, E5A, E9A, N11A, N12E, T14A, S15A, L16R, H18E, S19A, N21E, Q33A, E34A, L36R 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide is chemically synthesized. It is a sequence mutant to a sequence that occurs naturally in HIV. #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.03 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 1 M ammonium phosphate monobasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月5日 / 詳細: confocal mirrors |
放射 | モノクロメーター: gobel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→44.8 Å / Num. all: 15956 / Num. obs: 15938 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 28 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 5.203 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 62.36 Å2 / Biso mean: 24.219 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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