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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mpw | ||||||
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タイトル | Structure of EUTM in 2-D protein membrane | ||||||
要素 | Ethanolamine utilization protein eutM | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Bacterial microcompartment / shell protein / ethanolamine ammonia lyase / carboxysome (カルボキシソーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / protein hexamerization / structural molecule activity / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Sagermann, M. / Takenoya, M. / Nikolakakis, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2010 タイトル: Crystallographic insights into the pore structures and mechanisms of the EutL and EutM shell proteins of the ethanolamine-utilizing microcompartment of Escherichia coli. 著者: Takenoya, M. / Nikolakakis, K. / Sagermann, M. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: Crystal structure of the EutL shell protein of the ethanolamine ammonia lyase microcompartment. 著者: Sagermann, M. / Ohtaki, A. / Nikolakakis, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mpw.cif.gz | 198.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mpw.ent.gz | 161.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mpw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/3mpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/3mpw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10706.420 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2457, cchA, eutM, JW2441, yffZ / プラスミド: TOPO101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0ABF4 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 MM SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 100 MM POTASSIUMDIHYDROGENPHOSPHATE, 2 M SODIUM CHLORIDE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月11日 / 詳細: Rh coated flat mirror |
放射 | モノクロメーター: SI 111 MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→46.98 Å / Num. obs: 25180 / % possible obs: 84.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 19.31 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0066 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2A1B (residues 2-90) 解像度: 2.7→46.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / SU B: 20.657 / SU ML: 0.423 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.518 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.121 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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