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万見
- PDB-3mpp: Botulinum Neurotoxin Type G Receptor Binding Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mpp
タイトルBotulinum Neurotoxin Type G Receptor Binding Domain
要素Botulinum neurotoxin type G
キーワードTOXIN (毒素) / beta barrel beta trefoil
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / ボツリヌストキシン / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / ボツリヌストキシン / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / タンパク質分解 / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type G
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Schmitt, J.M. / Lacy, D.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural analysis of botulinum neurotoxin type G receptor binding .
著者: Schmitt, J. / Karalewitz, A. / Benefield, D.A. / Mushrush, D.J. / Pruitt, R.N. / Spiller, B.W. / Barbieri, J.T. / Lacy, D.B.
履歴
登録2010年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Botulinum neurotoxin type G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6791
ポリマ－50,6791
非ポリマー00
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.630, 90.161, 91.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type G / BoNT/G / Bontoxilysin-G / Botulinum neurotoxin G light chain / Botulinum neurotoxin G heavy chain


分子量: 50678.645 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor binding domain (UNP residues 867:1297) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60393, ボツリヌストキシン
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12%-15% (w/v) polyethylene glycol 3350, 20 mM Bis-Tris buffer pH 5.75-6.50 and 20-25 mM MgCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月8日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 33642 / Num. obs: 33608 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 2009_02_15_2320_3)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EPW

1epw


解像度: 1.98→40.938 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2208 1694 5.05 %random
Rwork0.1747 ---
obs0.1771 33548 99.11 %-
all-33849 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.653 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9735 Å20 Å20 Å2
2--3.2231 Å2-0 Å2
3---2.7503 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→40.938 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3328 0 0 332 3660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.074688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2241248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.04220.28031270.20162358X-RAY DIFFRACTION90
2.0422-2.10810.23371420.19042620X-RAY DIFFRACTION100
2.1081-2.18340.25591370.18862651X-RAY DIFFRACTION100
2.1834-2.27080.26541320.18182656X-RAY DIFFRACTION100
2.2708-2.37420.24121520.1632625X-RAY DIFFRACTION100
2.3742-2.49930.19861540.16562658X-RAY DIFFRACTION100
2.4993-2.65590.25211330.16382658X-RAY DIFFRACTION100
2.6559-2.86090.23041410.18112668X-RAY DIFFRACTION100
2.8609-3.14870.21181300.16962696X-RAY DIFFRACTION100
3.1487-3.60410.19821460.16392703X-RAY DIFFRACTION100
3.6041-4.53990.17711530.14752717X-RAY DIFFRACTION100
4.5399-40.94640.241470.19332844X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67920.227-0.54122.7087-1.83273.65610.2908-0.13670.20260.65440.25890.598-0.6933-0.3086-0.49790.32090.0270.19560.16720.07350.3484-8.43918.580635.5166
21.60510.4702-0.34011.9184-0.7361.39390.12680.0160.08990.0997-0.0411-0.0084-0.06260.0881-0.07190.0972-0.0047-0.00410.10880.00290.102712.886715.952611.9808
31.1067-0.73560.45360.8223-0.66861.3394-0.02370.050.1706-0.0005-0.0013-0.0838-0.0893-0.02660.02930.1284-0.019-0.02330.12770.01170.18558.170220.95556.6318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain C and resid 1:213)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain C and resid 214:367)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 368:433)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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